\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Curso Manaus 2012}{Curso Manaus 2012}}
\label{sec:curso_manaus_2012}


Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada entre 8 e 13 de  outubro de 2012 no Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), e outras informações importantes. Fique atento, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas, veja . Avaliação
Veja informações sobre a avaliação na página \href{http://labtrop.ib.usp.br/doku.php?id=cursos:ecor:01_curso_atual:aval_mao}{aval_mao}. O trabalho deve ser entregue até dia \textbf{ 26 de outubro de 2012}


\subsection{\texorpdfstring{Informações Gerais}{Informaoes Gerais}}
\label{sec:informaoes_gerais}


Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Botânica do INPA, baseada em disciplina do programa de Ecologia da USP. Nessa versão a disciplina será concentrada em uma semana, portanto para que os alunos tirem o máximo de proveito é necessário que se programem para uma dedicação intensa e integral à disciplina. 

\subsubsection{\texorpdfstring{Objetivos}{Objetivos}}
\label{sec:objetivos}


O curso foi criado e é mantido por um grupo de professores que compartilham o entusiasmo pelo ambiente R, por propiciar um uso mais crítico da estatística na pesquisa científica.

O objetivo amplo deste grupo é divulgar o ambiente R para estudantes da ecologia e áreas afins, como maneira de fomentar este uso crítico.

O foco do curso é a introdução à estrutura e uso da linguagem. É inevitável abordar alguns conceitos estatísticos, mas este é um curso do uso da linguagem R, e não sobre estatística, considerada básica para pós-graduandos da área.
Para maiores informações veja a página de introdução geral do WIKI

\subsubsection{\texorpdfstring{Professores}{Professores}}
\label{sec:professores}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/labtrop}{Alexandre Adalardo de Oliveira}, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais \emph{LABTROP} - IBUSP (adalardo@usp.br)
  \item Alberto Vicentini, INPA (PPG-BOT)
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Monitores}{Monitores}}
\label{sec:monitores}


Geralmente contamos com um grupo grande de monitores que auxiliam os professores principalmente no atendimento aos alunos durante os tutoriais e exercícios. O aprendizado de uma linguagem é um trabalho árduo, principalmente no início, ainda mais em um linguagem lógica em que uma vírgula a mais pode tornar uma sintaxe completamente sem sentido. Como esses monitores não puderam estar presentes nessa versão, muitos deles se dispuseram a tirar dúvidas dos alunos pelo nosso fórum. Portanto, tentaremos manter um rodízio de atendimento online através desse canal, durante o curso. 
\begin{itemize}
  \item André Chalom - PG Bioinformática, IME -USP
  \item Daniel Caetano - LAGE, IB - USP
  \item Diogo Melo - PG Genética, IB - USP
  \item Fernando Rossine - PG Ecologia, IB - USP
  \item Gustavo Burin - PG Botânica, IB - USP
  \item Marcelo Awade - PG Ecologia, IB - USP
  \item Sara Mortara - PG Ecologia, IB - USP
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Período e Horários}{Periodo e Horarios}}
\label{sec:periodo_e_horarios}

\begin{itemize}
  \item Disciplina condensada, 08 a 13 de outubro de abril de 2012.
  \item Aulas manhã das 8:30-12:30 h e tardes das 14:00- 17:30 h. 
  \item Atendimento \emph{online} pelo \href{http://bie5782.138098.n3.nabble.com/}{forum} 9:00-18:00 horas.
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Locais das aulas}{Locais das aulas}}
\label{sec:locais_das_aulas}


\subparagraph{\texorpdfstring{Aulas Teóricas}{Aulas Teoricas}}
\label{sec:aulas_teoricas}


\subparagraph{\texorpdfstring{Exercícios práticos}{Exercicios praticos}}
\label{sec:exercicios_praticos}


\textbf{Traga um \emph{notebook} com o R instalado} veja as \href{http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:pre_curso}{atividades preparatórias}.

\subsection{\texorpdfstring{Programação}{Programaao}}
\label{sec:programaao}

\begin{itemize}
  \item  Faça as Atividades Preparatórias antes do primeiro dia de aula.
  \item A disciplina consiste de aulas teóricas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. 
  \item Os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo \href{http://bie5782.138098.n3.nabble.com/}{Forum online}.
\end{itemize}
\begin{longtable}{|l|l|l|l|l|}
\hline
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Primeira Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ 
\hline
 
08/10  & 8:30-10:00 &  PG-BOT & Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R     & Alexandre \\ 
\hline
 
08/10  & 10:30-12:30 & PG-BOT  & Tira-dúvidas dos Tutoriais de introdução ao R    & Professores \\ 
\hline
 
08/10  & 14:00-15:30 & PG-BOT  & Funções matemáticas e estatísticas no R     & Alexandre \& Alberto  \\ 
\hline
 
08/10  & 16:00-18:00  & PG-BOT  & Tutorial de Funções     &  Monitores   \\ 
\hline
 
09/10  & 8:30-9:30 & PG-Bot  & Tira Dúvidas Funções Matemáticas    & Alexandre \& Alberto   \\ 
\hline
 
09/10  & 9:30-12:30 & PG-Bot  & Leitura e Manipulação de Dados    & Alexandre   \\ 
\hline
 
09/10  & 14:00-18:00  & PG-BOT  & Tutorial Manipulação de dados    & Professores/Monitores \\ 
\hline
 
09/10  & 8:30-9:30 & PG-BOT  & Tira Dúvidas Manipulação de Dados    & Alexandre \& Alberto \\ 
\hline
 
09/10  & 9:30-12:30 & PG-BOT  & Análise Exploratória de Dados     & Alexandre   \\ 
\hline
 
09/10  & 14:00-18:00 & PG-BOT  & Tutorial Análise Exploratória de Dados    & Monitores  \\ 
\hline
 
10/10  & 8:30-9:30 & PG-BOT  & Tira Dúvidas Análise Exploratória de Dados   & Alexandre \& Alberto   \\ 
\hline
 
10/10  & 9:30-12:30 & PG-BOT  &  Gráficos   & Alexandre \\ 
\hline
 
10/10  & 14:00-18:00  & PG-BOT  & Tutorial Gráficos   & Monitores  \\ 
\hline
 
11/10  & 8:30-9:30 & PG-BOT  &  Tira Dúvidas Gráficos   & Alexandre \& Alberto  \\ 
\hline
 
11/10  & 9:30-12:30 & PG-BOT  &  Testes de significância   & Alexandre \\ 
\hline
 
11/10  & 14:00-18:00  & PG-BOT  & Tutorial Testes de significância    & Monitores  \\ 
\hline
 
12/10  & 8:30-9:30 & PG-BOT  &  Tira Dúvidas Testes de significância    & Alexandre \& Alberto   \\ 
\hline
 
12/10  & 9:30-12:30 & PG-BOT  &  Simulações e Noções de Programação   & Alexandre \\ 
\hline
 
12/10  & 14:00-18:00  & PG-BOT  & Tutorial Simulações e Programação    & Monitores  \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Fechamento}} \\ 
\hline
 
13/10  & 9:30-12:30 & PG-BOT  & Atendimento a alunos  & Alexandre \& Alberto \\ 
\hline
 
\end{longtable}



\subsection{\texorpdfstring{Bibliografia Básica}{Bibliografia Basica}}
\label{sec:bibliografia_basica}


\subsubsection{\texorpdfstring{Livros}{Livros}}
\label{sec:livros}


\textbf{William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.}
Conhecido na comunidade R como \emph{,,The Book"}, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o \texttt{MASS}\footnote{este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN}, que faz parte da instalação básica do R. Visite o \href{http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/}{site} do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

\textbf{John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.}
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, \texttt{car}, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o \href{http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html}{site} do livro.

\textbf{John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman \& Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.} Derivado de manual \href{http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf}{disponível gratuitamente} no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o \href{http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/}{site} do livro, e o pacote \textbf{usingR}.

\textbf{Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.} Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/}{site} do livro.

\subsubsection{\texorpdfstring{Documentação On Line}{Documentaao On Line}}
\label{sec:documentaao_on_line}


\textbf{NOTA:} Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{Contributed Documentation} do site do R.

\textbf{Venables, W.; Smith, D.M; \& R Development Team  }  \href{http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf}{An Introduction to R. Manual online}. Manual oficial de introdução ao R.

\textbf{Carlos Alzola and Frank E. Harrell \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf}{An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries}” } O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

\textbf{Petra Kuhnert and Bill Venables \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip}{An Introduction to R: Software for Statistical Modelling \& Computing}.} Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

\subsubsection{\texorpdfstring{Outros Recursos}{Outros Recursos}}
\label{sec:outros_recursos}

\begin{itemize}
  \item \textbf{\emph{Taskviews}}:  São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Para nossa área, p.ex, há os \emph{views} \emph{Environmetrics}, \emph{Multivariate}, \emph{Genetics}, \emph{Spatial}. Todo espelho de \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN} mantém uma cópia dos \emph{taskviews}. Para o espelho da FMV-USP o link é \url{http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/}.
  \item \href{http://crantastic.org/}{CRANTASTIC!}: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as \textbf{taskviews}, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
  \item \href{http://journal.r-project.org/}{The R Journal}: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  \item \href{http://www.jstatsoft.org}{Journal of Statistical Software}: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v22}{uso do R em ecologia}, e outro sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v24}{análises de redes} (com ênfase para dados de ciências sociais).
  \item \href{http://www.statmethods.net/index.html}{Quick R}, de Rob Kabakoff: um guia rápido \emph{on line} muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  \item \href{http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming}{The R Wikibook}: manual muito completo na coleção de \href{http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page}{Wiki Books}.
\end{itemize}


\end{document}
