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\section{\texorpdfstring{TULIA}{TULIA}}
\label{sec:tulia}


M. Sc. Oceanografia IOUSP,  graduação em Ciências Biológicas pela Universidad del Valle (Cali Colombia).Tem experiência na área de Oceanografia Biológica, com ênfase em zooplâncton, atuando principalmente nos seguintes temas:de microzooplâncton e ecologia de larvas de peixes. Atualmente cursa doutorado no IOUSP no laboratorio de biologia e ecologia do ictioplâncton marinho.

\url{http://lattes.cnpq.br/8479549044390385} ;-)

\href{http://labtrop.ib.usp.br/doku.php?id=cursos:ecor:05_curso_antigo:r2014:alunos:trabalho_final:tuismara:meus_execercicios}{.:Meus execercícios}

\href{http://labtrop.ib.usp.br/doku.php?id=cursos:ecor:05_curso_antigo:r2014:alunos:trabalho_final:tuismara:propostas_funcao}{.:Propostas função}

\section{\texorpdfstring{Help da Função}{Help da Funao}}
\label{sec:help_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

graph.abund                package: nenhum                R Documentation 

Gráfico da abundância de diferentes especies em uma determinada estação.

Description:
Representa em um gráfico,  por médio de círculos de diferentes tamanhos,  
os dados da abundância de diferentes especies. Em estações ou localidades 
diferentes.

Usage:
graph.abund(dados)

Parameters
dados: um data frame, com as seguintes informações, dispostas em colunas
com os seguintes nomes especificamente:
periodo, especie, estacao, abundancia, habitat.

Details:
Os dados devem estar organizados em tabelas onde esteja a informação da
abundância de cada especie e o local onde esta foi encontrada. 
Organizadas 
em colunas corridas.
A função aceita a codificação das estações como texto ou valor.
A escala dos círculos é realizada pela função "symbols"; iniciando em 0 (zero)
e aumentando cada 10 vezes o valor, até o valor máximo de abundância
 encontrado.

Value:
Não retorna nenhum valor.

Warning:
A função não gera uma legenda com o significado do valor de cada circulo
por tanto é recomendado lembrar que o tamanho aumenta em 10 vezes.

Authors:
Tulia Isabel Martinez Aguilar

References:

Help da função: symbols. 
Help do pacote: ggplot2.
Apostilhas e tutorias do Curso 2014.
The R Book Graphic. Paul Murrell. 2005.

See also:
R Graph Gallery: bubble plot 

Examples:

## Lê o arquivo com dados de duas localidades 
dados <-read.table("dados para funcao1.csv", sep=";",header=TRUE)
graph.abund(dados)
\end{lstlisting}



\section{\texorpdfstring{Código da função}{Codigo da funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

graph.abund <- function(dados)
{
  ###Abrir a tabela/data set com os dados###
  dados1 <-dados[order(dados$habitat),]###ordenando as spp por habitat
  dados1[is.na(dados1)]<-0 ### Retira NA e vira 0
  
  ###Criação de objetos para o grafico####
  x <- seq(1,length(summary(dados$estacao))*2+1)#EIXO X#
  y <- seq(1,length(summary(dados$especie)))#EIXO Y#
  radius = dados1$abundancia#EIXO Z, Valores de abundancia#
    
  ###Uso da função "symbols" para por os circulos de diferente tamanho##
  X11() # Abrir a janela de plot  
  par(mar=c(1,5,5,10))##Parametro de margens##
  
  ##Uso da Função symbols##
  symbols(dados1$estacao, dados$especie, circles=radius, inches=0.12, 
          fg="white", xlab="", bg="black", ylab="", labels=FALSE, 
          tick=FALSE)##Função symbols##
  par(new=TRUE)
  grid(nx=NULL, ny=NULL, col="grey")#Inserido a grade para localizar o valor da especie caso se tenha muitas estações
  axis(3, at=x, labels=c(levels(dados$estacao),"|",levels(dados$estacao)))#ETIQUETAS EIXO X SUPERIOR
  par(las=1) ## Paramentro para deixar a legenda do eixo na horizontal
  axis(4, at=y, labels=c(levels(dados$especie))) ## Parametro do eixo para 
  mtext(levels(dados1$periodo), side=3, cex=1, line=2)
}
\end{lstlisting}



Arqhivo para baixar a funçaõ
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tuismara/funcao_msm.r}{funcao\_msm.r}

Dados para teste
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tuismara/dados_para_funcao_teste.csv}{dados\_para\_funcao\_teste.csv}
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tuismara/dados_para_funcao1.csv}{dados\_para\_funcao1.csv}

\end{document}
