====== Curso IBUSP - 2020 ======
* Em **2020** o curso será oferecido remotamente com previsão para o período de //__14 de setembro a 09 de outubro__//.
* Veja informações sobre [[:start#matricula|matricula]] antes de consultar os professores
* Devido as restrições impostas pela pandemia, os alunos do curso online não farão o trabalho final no formato tradicional. A nota dos alunos será baseada apenas nos exercícios feitos na plataforma **notaR**.
* Veja como se dará o curso essa versão do curso não presencial no tópico a seguir.
Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.
===== Versão Não Presencial =====
Devido as restrições impostas pela Covid-19 a versão do curso ofical do IBUSP será oferecido em caráter emergencial de forma remota, sem atividades presenciais. O curso contará com atividades síncronas e assíncronas. Para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:
* 1. **Videoaula introdutória:** vídeos com duração de cerca de 30' introduzindo o tópico ou parte dele.
* 2. **Tutorial**: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo __Google Meet__ quanto pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|fórum da disciplina]]. Continuaremos utilizando a plataforma **__Nabble__** que foi utilizada com sucesso em outros anos e que já tem um conjunto de tópicos discutidos que pode ajudar os alunos atuais.
* 3. **Apostila online**: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
* 4. **Exercícios**: exercícios que serão submetidos à plataforma [[http://www.lage.ib.usp.br/notar|notaR]], uma sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado para esta disciplina.
* 5. **Aula síncrona** : atividade de duração de cerca de 2 horas no __Google Meet__, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.
**__Atividades Preparatórias__**
\\
Faça as [[pre_curso|]] até antes do início das aulas
**__Matricula__**
Veja informações em: [[:start#matricula|matricula]].
===== Informações Gerais =====
Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo
==== Professor Responsável ====
* [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br)
==== Professores Colaboradores ====
* [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br)
=== Colaboração ===
* Andre Chalom (notaR)
=== Monitores ===
/*
- Bruna Cassettari
- Débora Brandt
- Diogo Melo
- Eduarda Romanini
- Felipe Campos
- Gustavo Ballen
- Jennifer Auler
- Julia Barreto
- Lucas Nascimento
- Lucas Freitas
- Lucas Roedel
- Lucas Camacho
- Pamela Santana
- Rafael Melhem
- Renan Del Bel
- Vitor Aguiar
- Vitor Rios
- Vinicius Montagner
*/
==== Período e Horários====
* Disciplina condensada programada para o período de ** 14 de setembro a 09 de outubro de 2020**.
* Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 10:00-12:00 horas.
* Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 14:00-18:00 horas. Atendimento online pelo meet, durante as atividades das 16:00- 18:00h.
* Atendimento //assíncrono// pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|forum]] terças e quintas, 9:00-18:00 horas.
==== Locais das aulas ====
* **Manhãs**: Aulas síncronas - Google Meet
* **Tardes**: Aulas assíncronas e atendimento pelo Google Meet e fórum Nabble
/*
Veja [[http://www.ib.usp.br/o-instituto/como-chegar.html| como chegar]].
**Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/:cursos:ecor/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]].
Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores.
veja: [[uspnet2014|uspnet no minas]]
*/
===== Programação =====
* Faça as [[pre_curso|Atividades Preparatórias]] antes do primeiro dia de aula.
* A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores.
* Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|Forum online]].
^Primeira Semana^^^^^
^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|14/09 |10:00-11:30| Google Meet |[[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial1:start|Introdução à linguagem R]] |Alexandre|
|14/09 |14:00-15:30| Google Meet & Fórum|Dúvidas das atividades preparatórias |Equipe |
|14/09 |16:00-18:00 |Fórum |[[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial2:start|Tutorial de Funções Matemáticas]] | Monitores |
|15/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Funções Matemáticas | Equipe|
|16/09 |10:00-11:30| Google Meet| Funções Matemáticas |Alexandre |
|16/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial3:start|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados]] |Equipe |
|17/09 |14:00-18:00 |Forum //on-line// | Dúvidas Leitura e Manipulação de dados | Equipe|
|18/09 |10:00-11:30| Google Meet | Leitura e Manipulação de dados| Professores |
|18/09 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial4:start|Tutorial Análise Exploratória de Dados]] | Equipe |
^Segunda Semana^^^^^
^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|21/09 |10:00-11:30| Google Meet |Análise exploratória de Dados |Alexandre|
|21/09 |14:00-18:00 |Google Meet & Fórum |[[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial5:start|Tutorial de Gráficos]] | Monitores |
|22/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Gáficos | Equipe|
|23/09 |10:00-11:30| Google Meet| Fechamento Gráficos I |Alexandre |
|23/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial5b:start|Tutorial Gáficos II]] |Equipe |
|24/09 |14:00-18:00 |Forum //on-line// | Gráficos II | Equipe|
|25/09 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Gráficos II| Alexandre |
|25/09 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial6:start|Teste de Significância]] | Equipe |
^Terceira Semana^^^^^
^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|28/09 |10:00-11:30| Google Meet |Fechamento Teste de Significância |Alexandre|
|28/09 |14:00-18:00 |Google Meet & Fórum |[[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial7:start|Tutorial de Modelos Lineares]] | Monitores |
|29/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Modelos Lineares | Equipe|
|30/09 |10:00-11:30| Google Meet| Fechamento Modelos Lineares |Alexandre |
|30/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial9:start|Tutorial Reamostragem]] |Equipe |
|01/10 |14:00-18:00 |Forum //on-line// | Plantão Reamostragem | Equipe|
|02/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Reamostragem| Alexandre |
|02/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | [[:cursos:ecor:02_tutoriais:tutorial8:start|Tutorial Funções]] | Equipe |
^Quarta Semana^^^^^
^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|02/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Funções| Alexandre |
|02/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | Exercícios Finais | Equipe |
|04/10 |10:00-11:30| Google Meet | Dúvidas Gerais| Alexandre |
|04/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | Exercícios Finais | Equipe |
|06/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento do Curso| Alexandre |
|06/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum | Dúvidas Exercícios Finais | Equipe |
/*
^Quarta Semana^^^^^
^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|13/05 |9:00-10:30| Auditório 2 |Filosofia e histórico da linguagem R |Professores|
|13/05 |11:00-12:30| Auditório 2I | Introdução à linguagem R |Alexandre|
|13/05 |14:00-15:30|Anatomia |Tira Dúvidas das atividades preparatórias |Professores e monitores |
|13/05 |16:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial de Funções Matemáticas | Monitores |
|14/05 |9:00-18:00 |Forum //online// |Plantão funções Matemáticas | Monitores & Professores|
|16/05 |9:00-10:30| Auditório 2|Dúvidas Funções Matemáticas |Professores |
|16/05 |11:00-12:30| Auditório 2 | Leitura e Manipulação de Dados |Alexandre |
|16/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Manipulação de Dado |Monitores |
|17/05 |9:00-12:30| AG Zoologia |Análise Exploratória de Dados| Professores |
|17/05 |14:00-16:00| Sala multimídia CD | Tutorial Análise Exploratória de Dados | Monitores & Professores |
^Segunda Semana^^^^^
|20/05 |9:00-9:30| Auditório 2|Tira Dúvidas |Professores |
|20/05 |9:30-12:30|Auditório 2|Gráficos|Alexandre|
|20/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídea 2 |Tutorial Gráficos |Monitores |
|22/05 |9:00-12:30|Auditório 2 |Teste de Hipótese |Alexandre|
|22/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Teste de Hipótese |Monitores |
|24/05 |9:00-9:30| AG - Zoologia |Tira Dúvidas Teste de Hipótese |Professores |
|24/05 |9:30-12:30| AG - Zoologia | Regressão Linear |Alexandre|
|24/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Regressão Linear |Monitores |
^Terceira Semana^^^^^
|27/05 |9:00-12:30|Auditório 2 |Regressão Linear II |Professores |
|27/05 |14:00-18:00 | Anatomia - Multimídia II |Tutorial Regressão Linear II |Monitores |
|29/05 |9:00-12:30|Auditório 2|Simulação e Permutação |Alexandre|
|29/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídia II |tutorial Simulação e Permutação |Professores |
|31/05 |9:00-12:30|AG da Zoologia|Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples |Professores|
|31/05 |14:00- 18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Programação |Monitores |
*/
===== Bibliografia Básica=====
A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante.
Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de [[https://www.coursera.org/course/rprog|programação em R]] no Coursera oferecido pela [[https://www.coursera.org/jhu|Johns Hopkins University]].
Há também um interessante curso interativo on line chamado [[http://tryr.codeschool.com/|TryR]].
==== Livros ====
**William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.**
Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais.
**John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.**
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro.
**John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**.
**Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro.
==== Documentação On Line ====
**NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R.
**Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team ** [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R.
**Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.
**Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.
==== Veja também ====
Duas dicas do monitor Vitor Rios:
* [[http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null| Beginner's guide to R]] - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online //ComputerWorld//. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
*[[http://adv-r.had.co.nz| Advanced R]]. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: //"The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."//
==== Outros Recursos ====
* [[http://tryr.codeschool.com/|TryR]]: sistema online interativo de aprendizagem da linguagem R, nos moldes do Codecademy e W3School.
* [[https://swirlstats.com/|swiRl]]: pacote com curso interativo no próprio console do R.
* **//[[https://cran.r-project.org/web/views/|Taskviews]]//**: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]./* * [[http://crantastic.org/|CRANTASTIC!]]: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as **taskviews**, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. */
* [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
* [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais).
* [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
* [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].