====== Instalação do R em Ubuntu/Linux para leigos ====== Material produzido por **Gabriel Frey (gapfrey@yahoo.com)**, em julho de 2009. Esse roteiro está obsoleto! As principais distribuições do Linux (Ubuntu, Xbuntu, Mint, Debian, ArchLinux, etc) tem o R em seus repositórios oficiais. Em geral, a instalações assistidas por gerenciadores de pacotes oficiais da distribuição é muito simples e a forma mais segura de instalaR. Desde que o Gabriel postou essas dicas a versão do Ubuntu mudou muito. Antes de tentar seguir os passos do roteiro sugiro um caminho mais curto e assistido por interface gráfica: *1. Abra o gerenciador de pacotes SYNAPTIC e busque R-CRAN. * 1.1. Deverá aparecer todos os pacotes do R: instale o pacote r-base e os sugiridos junto a ele. * 1.2. Caso não haja nenhum pacote r-cran na lista, siga para 2. * 2. No mesmo gerenciador de pacotes SYNAPTIC entre em //CONFIGURAÇÕES - REPOSITÓRIOS - OUTROS SOFTWARES// e na janela //CANAIS DE SOFTWARE// clique em adicionar e insira o endereço de repositório do R que deseja (veja tópico 2 do roteiro do Gabriel para a lista de todos os repositórios R_CRAN). * 3. Além disso, na mesma caixa de diálogo de Canais de software na janela //Autenticação// clique em //IMPORTAR ARQUIVO DE CHAVE// e selecione o arquivo keycran.txt (veja comentário no tópico 3 do roteiro do Gabriel para baixar o arquivo) * 4. Ao fechar a janela o programa irá pedir para atualizar. Atualize e retorne ao tópico 1. Para você que não tem muita familiaridade com o Linux, um passo a passo para instalar o R. Desde que o Gabriel postou essas dicas a versão do Ubuntu mudou. Agora a versão ativa é a 9.04 com o nome //Jaunty Jackalope//. Onde o Gabriel coloca o nome da versão **hardy** deve ser mudado para **jaunty** ** já estamos na 10.04 lucid ** --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2010/10/26 23:06// ** agora é 10.10 Maverick Meerkat ** --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2011/02/16 12:42// ==== Instalação do R ==== === 1. === O primeiro passo é modificar o arquivo **sources.list**. Este arquivo contém o endereço dos repositórios de programas, e essa modificação serve para adicionar o repositório do **R**. Por padrão, **sources.list** precisa de permissão de administrador para ser alterado. Se você tem todas as permissões no sistema, pule para o passo **2**. Para alterar o nível de permissão, entre no Console (Terminal). Ele pode ser encontrado no menu do KDE. //Aternativamente, ele pode ser aberto usando a ferramenta “Executar comando”, que normalmente abre pressionando-se ALT+F12. Basta digitar **konsole** e apertar enter.// No Console, digite ''cd etc/apt'' para entrar no diretório de **sources.list**. Digite ''sudo chmod 777 sources.list'' * ''sudo'' permite que você execute um comando como se fosse outro usuário, no caso o administrador (que tem todas as permissões no sistema). [[http://pt.wikipedia.org/wiki/Sudo|Leia mais sobre o comando sudo]] * ''chmod'' permite alterar as permissões de um arquivo, como por exemplo ele ser escrito e gravado por qualquer usuário fora o administrador. 777 é a opção do comando chmod que dá todas as permissões a um arquivo, e não apenas alguma específica como gravá-lo ou lê-lo. [[http://pt.wikipedia.org/wiki/Chmod|Leia mais sobre o comando chmod]] Será pedida sua senha. Se entrada corretamente, você terá agora as permissões necessárias para editar **sources.list** === 2. === Abra **sources.list**. O arquivo se encontra na pasta raiz, e o diretório (ou pasta) está em //etc/apt//. Basta clicar duas vezes sobre o arquivo para editá-lo. Se o arquivo não abrir desta maneira, edite-o em algum editor de texto como o //Kate// ou //Kwrite//. A lista de repositórios do **R** para o Ubuntu pode ser encontrada [[http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/|aqui]] Escolha o repositório correspondente à versão do seu Ubuntu. Você pode descobrir a versão do seu Ubuntu pelo comando ''lsb_release -a'' no Terminal (''konsole''). A versão é dada pelo **codename**. Exemplos de **codenames** são **dapper**, **gutsy**, **hardy**, **intrepid**. Copie o endereço correspondente à sua versão e cole no final do arquivo sources.list. Será algo parecido com deb http:///bin/linux/ubuntu hardy/ Agora você precisará substituir **** pelo endereço de algum espelho (mirror) de onde serão baixados os pacotes. A lista de espelhos está em [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|aqui]]. Copie o endereço escolhido e cole no lugar de http:// * exemplo: deb http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/bin/linux/ubuntu hardy/ No exemplo, o espelho escolhido é o da **USP de São Paulo**, e a versão do Ubuntu é **Hardy**. É importante que haja um espaço entre **ubuntu** e o nome da versão do Ubuntu escolhida. Salve o arquivo e feche a janela. === 3. === Abra o Terminal e digite ''sudo apt-get update'' e aperte Enter. Este comando serve para adquirir novas listas de pacotes do Ubuntu e outros repositórios que foram adicionados à **sources.list** ----- Caso apareça o erro dizendo que vc. não tem chave de autorização de acesso ao repositório, precisará anexar a chave do CRAN no Ubuntu (apt) para funcionar. Isso protege os pacotes distribuídos de serem modificados sem autorização. Siga as instrução abaixo para anexar a chave - baixe o arquivo com a chave {{dicas_mat_apoio:programas:keycran.txt|}} - use o comando apt-key para adicionar a chave # adiciona a chave sudo apt-key add keycran.txt # update novamente sudo apt-get update ** Pronto! Pode continuar... ** ----- Depois que as listas de pacotes forem baixadas, digite ''sudo apt-get install r-base'' e pressione Enter. Os pacotes básicos do **R** serão baixados. Agora baixe os pacotes para poder compilar outros pacotes no **R** com o comando ''sudo apt-get install r-base-dev'' Quando terminar de baixar o **R** estará pronto para ser utilizado. Para rodá-lo, basta escrever ''R'' (maiúsculo) na linha de comando do Terminal. Mas você estava esperando ver o R como no Windows, com as janelas usuais e aquela interface que já estava acostumado. Ou talvez você ache a janela do Terminal feia e não quer trabalhar assim. Então será necessário instalar um **GUI** (Graphical User Interface, ou interface gráfica do usuário), que vai criar uma interface mais amigável. ==== Instalando o JGR (pacote GUI para R no linux) ==== Veja comentários sobre editor de funções do e [[dicas_mat_apoio:programas:guiR| Interfaces gŕaficas para R ]] === 1. === Primeiro é necessário baixar uma versão do Java. Possivelmente já há alguma versão instalada, mas vamos baixar uma compatível com este pacote. No Terminal, digite ''apt-get install sun-java6-jdk'' e pressione enter. Depois que o o programa for baixado e instalado, torne-o o padrão (no caso de haver mais de uma versão Java instalada) com o comando ''update-java-alternatives -s java-1.6.0-sun'' === 2. === Agora a instalação do pacote JGR já inclui a instalação dos outros pacotes necessários para seu funcionamento. Caso precise ainda instalá-los, siga os passos abaixo, senão pule para o passo 3. Agora baixe os pacotes necessários para rodar o JGR. Eles são **rJava**, **JavaGD** e **iPlots**. Há duas maneiras: * a) Baixar o pacote no seu computador e “dizer” para o R onde ele está para ser instalado ou * b) indicar o endereço para o R de onde o pacote deve ser baixado. A segunda opção é mais simples, porém restrições de internet num servidor podem bloquear o download. Por isso recomendo a opção de baixar os pacotes manualmente. ---- **rJava** * Leia sobre/versões: http://rforge.net/rJava/ * Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/rJava_0.7-0.tar.gz * Instalação pelo R: ''install.packages('rJava',,'http://www.rforge.net/')'' ---- **JavaGD** * Leia sobre/versões: http://rforge.net/JavaGD/ * Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/JavaGD_0.5-3.tar.gz * Instalação pelo R: ''install.packages('JavaGD',,'http://www.rforge.net/')'' ---- **iPlots** * Leia sobre: http://www.rosuda.org/iplots/ * Versões: http://www.rforge.net/iplots/files/ * Baixe aqui: http://www.rforge.net/src/contrib/iplots_1.1-3.tar.gz * Instalação pelo R: ''install.packages('iplots',,'http://www.rforge.net/')'' ---- Eles estão no site [[http://rforge.net/]], onde também podem ser encontrados outros pacotes para o **R**. No caso de querer baixar os pacotes manualmente, clique no link “Baixe aqui” para cada um dos 3 pacotes e baixe-os para um local conhecido, como por exemplo a sua área de trabalho. Você pode conferir se alguma versão nova foi lançada no link “Versões”. Depois de baixados, é hora de baixar o pacote **JGR**. ---- **JGR** * Leia sobre: http://jgr.markushelbig.org/JGR.html * Versões: http://rforge.net/JGR/files * Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/JGR_1.6-3.tar.gz * Instalação pelo R: ''install.packages('JGR',,'http://www.rforge.net/')'' ---- Novamente, o pacote pode ser baixado manualmente, ou diretamente pelo **R**. === 3. === Agora que os arquivos necessários para o **JGR** funcionar estão baixados, é hora de instalá-lo. Na linha de comando do Terminal, digite ''sudo R CMD javareconf'' e pressione Enter. Este comando detecta e atualiza a configuração do Java no **R**. Execute o R como administrador: ''sudo R'' Você estará agora na linha de comando do **R**. Para instalar um pacote, vamos usar o comando ''install.packages()''. Digite: ''install.packages(“diretório.do.arquivo/nome.do.arquivo.tar.gz”, repos=NULL)'' Entre as áspas está o caminho do o arquivo baixado. Exemplo: Supondo que você tenha baixado o pacote rJava manualmente na Área de Trabalho (Desktop), e que seu nome de usuário no Ubuntu é “pp”. O comando no R para instalá-lo será: install.packages(“/home/pp/Desktop/rJava_0.7-0.tar.gz”, repos=NULL) //A opção repos=NULL faz com que install.packages não procure o pacote na internet, no caso da instalação manual. **Atente para letras maiúsculas e minúsculas, o Linux as diferencia.**// Se você quiser que o **R** baixe automaticamente o pacotes do site, use o comando “Instalação pelo R” para cada um dos pacotes (**rJava**, **JavaGD**, **iPlots** e **JGR**), por exemplo ''install.packages('rJava',,'http://www.rforge.net/')'' //Perceba que a opção repos=NULL não está presente, pois o pacote será baixado da internet.// Dica: Se você não quiser digitar o nome todo do arquivo, comece a digitar o caminho, e quando tiver digitado o suficiente para diferenciá-lo de outros arquivos, pressione **TAB**. O nome será completado. Repita a operação para cada um dos pacotes na ordem **rJava**, **JavaGD**, **iPlots**, e por último o **JGR**. Isso porque alguns dos pacotes necessitam de outros para rodar. De qualquer maneira, se algum dos necessários ainda não tiver sido instalado, você será avisado. === 4. === Após instalar os 4 pacotes na ordem, o **JGR** está pronto para rodar. Digite na linha de comando do **R** ''library(JGR)'' e pressione enter. ''JGR()'' e pressione enter Pronto, a interface gráfica será carregada e você pode trabalhar com o **R** mais amigavelmente. Quando você quiser abrir o **R** com a interface do JGR, terá que entrar pelo Terminal, digitar ''R'', na linha de comando do **R** digitar ''library(JGR)'' e depois ''JGR()''. Mas vamos facilitar a vida mais um pouco. Não seria bom ter um ícone na sua Área de trabalho, e com um clique do mouse entrar no R com a interface gráfica? ==== Criando um ícone na Área de Trabalho para o R com interface gráfica ==== Felizmente, não é necessário criar nenhum script para rodar o **R** com o **JGR** da sua Área de trabalho, apesar de isso ser perfeitamente possível. Clique com o botão direito sobre a Área de trabalho e selecione a opção **Criar Novo** > **Link para Aplicativo**. Na aba **Geral** você pode nomear o aplicativo e selecionar o ícone que deseja usar clicando sobre a imagem do ícone. Os ícones no Ubuntu usam arquivos com algumas extensões diferentes das do Windows, incluindo .png. Você pode realizar uma busca no Google Images por R.png, por exemplo. Este link pode ser usado como ícone: http://www.sciviews.org/_style/img/RLogo.png Abra a aba **Aplicativo**, digite /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run no campo “Comando”. Clique em “OK” e o seu ícone estará pronto na Área de Trabalho.