====== Protocolos e Arquivos ======


===== Entrada de dados =====

**Atualizado em 01 Março de 2009**

==== ImageJ ====
  * Abrir o programa (ij.jar) 
  * Abrir a imagem .jpg da subparcela sendo trabalhada
  * Abrir o plugin **pointpicker**
  * Anotar num papel a **data de coleta** e a **sequência de números** usados na subparcela
  * Selecionar a ferramenta para adição de pontos (a primeira no canto esquerdo do menu)
  * Marcar os quatro cantos da parcela de 20x20, começando no canto esquerdo-embaixo. Nomeá-los **p1,p2,p3 e p4**.
  * Marcar cada árvore na subparcela. Lembre-se que os números das árvores são geralmente apenas os três últimos números da sequência utilizada. **Importante anotar os números completos**.
  * Checar bem os resultados (a sequência de números e que os primeiros quatro sejam os cantos da subparcela). Isso é importante porque encontrando erros aqui ainda dá para corrigir sem precisar repetir todo o trabalho.
  * Salvar os resultados com o nome da subparcela (exemplo **300x100.txt**)
  * **NÃO** FECHAR O PROGRAMA E O ARQUIVO SENDO TRABALHADO ATÉ RODAR O PROGRAMINHA DO R, POIS ESTE VAI TE DIZER SE HÁ ÁRVORES FALTANDO.

==== R - transformação das coordenadas ====
  * Colocar o arquivo **.txt** de resultados do mapeamento no mesmo diretório onde está o arquivo entradaxy.rdata
  * Clicar duas vezes no arquivo entradaxy.rdata para abrir o programa no R
  * Se quiser verificar o conteúdo do diretório digite dir() no console do R
  * Para rodar o programa digite **pxy("subparcela.out")**, onde subparcela.out é o nome do arquivo onde serão guardados os resultados (deve ser, por exemplo, 300x100.out). 
  * Siga as instruções na janela do R
  * Essa etapa é rápida, mas é fundamental checar se houve erros na sequência de números. O programa irá indicar os números que ele não encontrou no arquivo. Se houver números faltando, checar se estes estão indicados na planilha. Se não estiverem, volte para o ImageJ e veja se você não esqueceu de marcar as árvores faltando. Se você não fechou o ImageJ ainda dá para adicionar as árvores faltando.

==== Excel - entrada das informações das árvores ====
  * Os dados de cada hectare (25 subparcelas) devem ser armazenados num único arquivo. Salvar a planilha do excel com o nome do hectare (e.g. ha300.xls). FAZER BACKUPS diariamente desse arquivo.
  * Abrir o arquivo subparcela.out (e.g. 300x100.out). Selecionar o conteúdo, copiar e colar na planilha (na célula A2 da planilha Modelo_Entrada de Dados).
  * Completar para cada árvore as informações nos campos em vermelho.
  * Se houver mais de um fuste (mais de um dbh, eg. 20+10), duplicar a linha da árvore a mudar o número do fuste.
  * **Novidade**: Se houver mais de uma observação, separar as observações na coluna "obs" por ";"

  * **ATENÇÃO**: Quando você selecionar a família, no campo gênero só aparecerão os gêneros da família selecionada e no campo espécie só as espécies do gênero selecionado (isso acontece nova versão do arquivo .xls). Precisa selecionar a família, gênero (precisa sim!) e a espécie, quando houver. Se a categoria estiver indeterminada pode deixar em **branco**. Também só é possível entrar nomes que estão na lista. Se tiver algum táxon que não está na lista anote no campo **nomevulgar**


==== R - checar dados ==== 
  * Quando tiver completado 1 ha, usar as seguintes instruções para checar erros a planilha:
  * Salvar como **.txt** (no caso de Excell para Windows deve ser .csv) a planilha com os dados para o hectare (**separado por vírgula**; note que o excel pode salvar com **;**, e isso não tem problema).
  * Clicar duas vezes no arquivo __//entradaxy.rdata//__ para abrir o programa no R (**esse arquivo foi modificado em 11 Fev 2009, baixar a nova versão**);
  * Colocar o arquivo **.txt** (ou **.csv**) no mesmo diretório onde está o arquivo __//entradaxy.rdata//__;
  * Na janela do R, importar o arquivo **.txt** (ou **.csv**) com a seguinte função:
            
              read.csv("seuarquivo.txt",sep=",") -> temp
                            ou
              read.csv("seuarquivo.csv",sep=",") -> temp

  * Se o arquivo for delimitado por **;** substitua **sep=","** por **sep=";"**. Digite help(read.csv) se precisar de ajuda com esse comando. Não padronizamos isso porque é comum o excel dar erros na hora de exportar dados.
  * Opcional: digite head(temp) para ver  o topo da tabela e dim(temp) para ver as dimensões da tabela (i.e. número de linhas e colunas, respectivamente). Se tiver ok, prossiga para o próximo passo!
  * Para checar os dados digite **checar.dados(dados=temp)** na janela do R e siga as instruções;
  * Se houver erros, corrigir na planilha do excel e repetir a checagem de erros.

===== Arquivos para baixar =====

==== ImageJ com PointPicker ====

Programas para extrair as coordenadas das árvores a partir do mapa das parcelas de 20x20. 

  * Baixar a versão mais atualizada do [[http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html|ImageJ]]
  * Baixar o {{:projetos:pp_manaus:pointpickerctfs.zip|PointpickerCTFS}}  e colocar do diretório //Plugin// do programa ImageJ. Versão 01 Mar 09 – versão anterior da ferramenta //remove cross// do pointpicker eliminava ponto errado.

==== Workspace do R ====

{{:projetos:pp_manaus:entradaxy.rdata|Arquivo Entradaxy.rdata do R com as funções pxy() e checar.dados()}}

==== Planilha do Excel ==== 

Para a entrada de dados das planilhas:

{{:projetos:pp_manaus:entradadosnovo.xls|Arquivo do Excel entrada de dados}}

====== Xampp ======

Modificações que precisam ser feitas no Xampp depois de instalado para fazer funcionar o banco de dados.

editar o arquivo php.ini do diretório XAMPP/Apache/bin e modificar as seguintes linhas:

Habilitar //extensions=php_curl.dll// - isso permite a conexão com sites externos usados para baixar os nomes das espécies