Mestrando em Ecologia de ecossitemas terrestres e aquáticos
LET- Laboratório de Ecologia Teórica
Orientador - Prof. Dr. Paulo Inácio de Knegt López de Prado
Elaboração de uma função que permita construir curvas de distribuição de abundância de espécies “DAE” a partir da entrada de planilhas de levantamento de espécies. As curvas “DAE” são um dos padrões mais conhecidos e universais em ecologia, porém são muito pouco usadas em estudos de diversidade, pois utilizam dados de abundância de espécies e não de riqueza e equitabilidade, que são normalmente utilizados em estudos deste tipo. Com esta função, espera-se aumentar o conhecimento e a divulgação sobre estes padrões e apresentar mais um espectro de análise, enriquecendo ainda mais estudos sobre biodiversidade.
sad() package:unknown R Documentation
Curvas de distribuição de abundancia das espécies representadas de quatro maneiras diferentes.
Description:
A função "sad" produz dois dos tipos mais comuns de curvas de distribuição de espécies: histograma e gráfico de rank-abundância. Para cada um destes tipos, são produzidos um gráfico com dados brutos de abundância e outro com valores de abundância em escla logarítmica.
Usage:
sad(x)
Arguments:
x: data frame com nomes das espécies da primeira coluna e valores de abundância na segunda.
Details:
O data frame não pode ter valores zero nem valores NA.
Value:
Quatro gráficos são gerados, dois com números totais de abundância e
dois com valores de abundância em escala logarítmica
Author(s):
Rodolpho Credo Rodrigues
rdprodrigues@yahoo.com.br
References:
McGill, B.J., Etienne, R.S., Gray, J.S., Alonso, D., Anderson, M.J., Benecha, H.K.,
Dornelas, M, Enquist, B.J., Green, J.L, He, F., Hurlbert, A.H., Magurran, A. E., Marquet, P.A., Maurer, B.A., Ostling, A., Soykan, C.U., Ugland, K.I. & White, E. (2007).
Species abundance distributions: moving beyond single prediction theories to integration within an ecological framework.
Ecology Letters 10 : 1-21.
See Also:
hist(), plot()
Examples:
names.spp=LETTERS[1:10]
names.spp
abund.spp=round(runif(10,1,5))
abund.spp
abund=data.frame(colnames=names.spp,abund.spp)# Cria um data frame fictício
abund
sad(abund)
sad=function(x)
{
x=x[order(-x[,2]),]
x[,1]=(x[,1]=factor(x[,1],labels=seq(1:length(x[,1]))))
x[,1]=seq(1:length(x[,1]))
par(mfrow=c(2,2))
plot(x[,2]~x[,1], xlab="Especies",ylab="Abundancia", main=paste("Rank-abundancia"))
hist(x[,2], xlab="Abundancia", ylab="Especies", main=paste("Histograma de abundâncias"))
plot(log(abundPR$abund)~abundPR$especie, xlab="Especies",ylab="(log)abundancia", main=paste("Rank-abundância"))
hist(log2(abundPR$abund), xlab="(log2)abundancia", ylab="Especies", main=paste("Histograma de abundâncias"))
par(mfrow=c(1,1))
}