Um site muito bom para aprender o básico de análises multivariadas é:
http://ordination.okstate.edu/index.html
O material foi feito por um dos grandes nomes da Multivariada: Michael Palmer. O material é muito bom para quem está buscando uma introdução básica em multivariada.
Álem dele há vários outros livros básicos e outros materiais na internet que são bons. Um livro antigo e muito bom é: Pielou, E.C. 1984. The interpretation of ecological data. Wiley, New York.
Eu aconselho, apesar de ser do século passado e não ter as novas técnicas é muito facil de entender. Para os mais adiantados aconselho o dos Legendré (pai e filho) Numerical Ecology de 1998 (só uma década atrás). Eles tem um site tb. com bastante material. Eles desenvolveram uma análise multivariada nova para entender como são classificados os malte whiskies Escoceses. Não é uma boa aplicação do método?!
Há uma infinidade de outros bons livros e uma disciplina na pós-graduação em Ecologia do IBUSP do professor Sérgio Tadeu que é uma ótima introdução ao tema.
BIE5772 - Métodos Estatísticos Básicos para Análise de Dados de Vegetação
Para aqueles que estão trabalhando com reamostragem, além do manual do Resampling que é uma boa introdução aconselho o livro que está on line:
http://www.resample.com/content/text/
Estou preparando um espaço no wiki para deixarmos essas coisas registradas, dicas e material metodologicos basicamente.