Instalação do R em Ubuntu/Linux para leigos

Material produzido por Gabriel Frey (gapfrey@yahoo.com), em julho de 2009.

Para você que não tem muita familiaridade com o Linux, um passo a passo para instalar o

R.

O primeiro passo é modificar o arquivo sources.list. Este arquivo contém o endereço dos repositórios de programas, e essa modificação serve para adicionar o repositório do R. Por padrão, sources.list precisa de permissão de administrador para ser alterado. Se você tem todas as permissões no sistema, pule para o passo 2. Para alterar o nível de permissão, entre no Console (Terminal). Ele pode ser encontrado no menu do KDE. Aternativamente, ele pode ser aberto usando a ferramenta “Executar comando”, que normalmente abre pressionando-se ALT+F12. Basta digitar konsole e apertar enter.

No Console, digite cd etc/apt para entrar no diretório de sources.list. Digite sudo chmod 777 sources.list

• sudo permite que você execute um comando como se fosse outro usuário, no caso o administrador (que tem todas as permissões no sistema). Leia mais sobre o comando sudo

• chmod permite alterar as permissões de um arquivo, como por exemplo ele ser escrito e gravado por qualquer usuário fora o administrador. 777 é a opção do comando chmod que dá todas as permissões a um arquivo, e não apenas alguma específica como gravá-lo ou lê-lo. Leia mais sobre o comando chmod

Será pedida sua senha. Se entrada corretamente, você terá agora as permissões necessárias para editar sources.list

Abra sources.list. O arquivo se encontra na pasta raiz, e o diretório (ou pasta) está em etc/apt. Basta clicar duas vezes sobre o arquivo para editá-lo. Se o arquivo não abrir desta maneira, edite-o em algum editor de texto como o Kate ou Kwrite.

A lista de repositórios do R para o Ubuntu pode ser encontrada aqui

Escolha o repositório correspondente à versão do seu Ubuntu.

Você pode descobrir a versão do seu Ubuntu pelo comando lsb_release -a no Terminal (konsole). A versão é dada pelo codename. Exemplos de codenames são dapper, gutsy, hardy, intrepid.

Copie o endereço correspondente à sua versão e cole no final do arquivo sources.list. Será algo parecido com

deb http://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu hardy/

Agora você precisará substituir <my.favorite.cran.mirror> pelo endereço de algum espelho (mirror) de onde serão baixados os pacotes. A lista de espelhos está em aqui.

Copie o endereço escolhido e cole no lugar de

http://<my.favorite.cran.mirror> 

• exemplo:

deb http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/bin/linux/ubuntu hardy/

No exemplo, o espelho escolhido é o da USP de São Paulo, e a versão do Ubuntu é Hardy. É importante que haja um espaço entre ubuntu e o nome da versão do Ubuntu escolhida.

Salve o arquivo e feche a janela.

Abra o Terminal e digite

sudo apt-get update

e aperte Enter. Este comando serve para adquirir novas listas de pacotes do Ubuntu e outros repositórios que foram adicionados à sources.list

1. baixe o arquivo com a chave keycran.txt
2. use o comando apt-key para adicionar a chave

# adiciona a chave
sudo apt-key add keycran.txt
# update novamente
sudo apt-get update

Pronto! Pode continuar…

Depois que as listas de pacotes forem baixadas, digite

sudo apt-get install r-base

e pressione Enter. Os pacotes básicos do R serão baixados.

Agora baixe os pacotes para poder compilar outros pacotes no R com o comando

sudo apt-get install r-base-dev

Quando terminar de baixar o R estará pronto para ser utilizado. Para rodá-lo, basta escrever

R (maiúsculo)

na linha de comando do Terminal.

Mas você estava esperando ver o R como no Windows, com as janelas usuais e aquela interface que já estava acostumado. Ou talvez você ache a janela do Terminal feia e não quer trabalhar assim. Então será necessário instalar um GUI (Graphical User Interface, ou interface gráfica do usuário), que vai criar uma interface mais amigável.

Primeiro é necessário baixar uma versão do Java. Possivelmente já há alguma versão instalada, mas vamos baixar uma compatível com este pacote. No Terminal, digite

apt-get install sun-java6-jdk

e pressione enter.

Depois que o o programa for baixado e instalado, torne-o o padrão (no caso de haver mais de uma versão Java instalada) com o comando

update-java-alternatives -s java-1.6.0-sun

Agora baixe os pacotes necessários para rodar o JGR. Eles são rJava, JavaGD e iPlots. Há duas maneiras:

• a) Baixar o pacote no seu computador e “dizer” para o R onde ele está para ser instalado

ou

• b) indicar o endereço para o R de onde o pacote deve ser baixado.

A segunda opção é mais simples, porém restrições de internet num servidor podem bloquear o download. Por isso recomendo a opção de baixar os pacotes manualmente.

rJava

• Leia sobre/versões: http://rforge.net/rJava/

• Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/rJava_0.7-0.tar.gz

• Instalação pelo R: install.packages('rJava',,'http://www.rforge.net/')

JavaGD

• Leia sobre/versões: http://rforge.net/JavaGD/

• Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/JavaGD_0.5-3.tar.gz

• Instalação pelo R: install.packages('JavaGD',,'http://www.rforge.net/')

iPlots

• Leia sobre: http://www.rosuda.org/iplots/

• Versões: http://www.rforge.net/iplots/files/

• Baixe aqui: http://www.rforge.net/src/contrib/iplots_1.1-3.tar.gz

• Instalação pelo R: install.packages('iplots',,'http://www.rforge.net/')

Eles estão no site http://rforge.net/, onde também podem ser encontrados outros pacotes para o R.

No caso de querer baixar os pacotes manualmente, clique no link “Baixe aqui” para cada um dos 3 pacotes e baixe-os para um local conhecido, como por exemplo a sua área de trabalho. Você pode conferir se alguma versão nova foi lançada no link “Versões”. Depois de baixados, é hora de baixar o pacote JGR.

JGR

• Leia sobre: http://jgr.markushelbig.org/JGR.html

• Versões: http://rforge.net/JGR/files

• Baixe aqui: http://rforge.net/src/contrib/JGR_1.6-3.tar.gz

• Instalação pelo R: install.packages('JGR',,'http://www.rforge.net/')

Novamente, o pacote pode ser baixado manualmente, ou diretamente pelo R.

Agora que os arquivos necessários para o JGR funcionar estão baixados, é hora de instalá-lo.

Na linha de comando do Terminal, digite

sudo R CMD javareconf

e pressione Enter. Este comando detecta e atualiza a configuração do Java no R.

Execute o R como administrador:

sudo R

Você estará agora na linha de comando do R. Para instalar um pacote, vamos usar o comando install.packages().

Digite:

install.packages(“diretório.do.arquivo/nome.do.arquivo.tar.gz”, repos=NULL)

Entre as áspas está o caminho do o arquivo baixado. Exemplo:

Supondo que você tenha baixado o pacote rJava manualmente na Área de Trabalho (Desktop), e que seu nome de usuário no Ubuntu é “pp”. O comando no R para instalá-lo será:

install.packages(“/home/pp/Desktop/rJava_0.7-0.tar.gz”, repos=NULL)

A opção repos=NULL faz com que install.packages não procure o pacote na internet, no caso da instalação manual. Atente para letras maiúsculas e minúsculas, o Linux as diferencia.

Se você quiser que o R baixe automaticamente o pacotes do site, use o comando “Instalação pelo R” para cada um dos pacotes (rJava, JavaGD, iPlots e JGR), por exemplo

install.packages('rJava',,'http://www.rforge.net/')

Perceba que a opção repos=NULL não está presente, pois o pacote será baixado da internet.

Dica: Se você não quiser digitar o nome todo do arquivo, comece a digitar o caminho, 

e quando tiver digitado o suficiente para diferenciá-lo de outros arquivos, pressione **TAB**. 

O nome será completado.

Repita a operação para cada um dos pacotes na ordem rJava, JavaGD, iPlots, e por último o JGR. Isso porque alguns dos pacotes necessitam de outros para rodar. De qualquer maneira, se algum dos necessários ainda não tiver sido instalado, você será avisado.

Após instalar os 4 pacotes na ordem, o JGR está pronto para rodar. Digite na linha de comando do R

library(JGR) e pressione enter.

JGR() e pressione enter

Pronto, a interface gráfica será carregada e você pode trabalhar com o R mais amigavelmente.

Quando você quiser abrir o R com a interface do JGR, terá que entrar pelo Terminal, digitar R, na linha de comando do R digitar library(JGR) e depois JGR().

Mas vamos facilitar a vida mais um pouco. Não seria bom ter um ícone na sua Área de trabalho, e com um clique do mouse entrar no R com a interface gráfica?

Felizmente, não é necessário criar nenhum script para rodar o R com o JGR da sua Área de trabalho, apesar de isso ser perfeitamente possível.

Clique com o botão direito sobre a Área de trabalho e selecione a opção Criar Novo > Link para Aplicativo.

Na aba Geral você pode nomear o aplicativo e selecionar o ícone que deseja usar clicando sobre a imagem do ícone.

Os ícones no Ubuntu usam arquivos com algumas extensões diferentes das do Windows, incluindo .png. 

Você pode realizar uma busca no Google Images por R.png, por exemplo. 

Este link pode ser usado como ícone: http://www.sciviews.org/_style/img/RLogo.png

Abra a aba Aplicativo, digite /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run no campo “Comando”. Clique em “OK” e o seu ícone estará pronto na Área de Trabalho.