Protocolos e Arquivos

Entrada de dados

Atualizado em 01 Março de 2009

Abrir o programa (ij.jar)
Abrir a imagem .jpg da subparcela sendo trabalhada
Abrir o plugin pointpicker
Anotar num papel a data de coleta e a sequência de números usados na subparcela
Selecionar a ferramenta para adição de pontos (a primeira no canto esquerdo do menu)
Marcar os quatro cantos da parcela de 20×20, começando no canto esquerdo-embaixo. Nomeá-los p1,p2,p3 e p4.
Marcar cada árvore na subparcela. Lembre-se que os números das árvores são geralmente apenas os três últimos números da sequência utilizada. Importante anotar os números completos.
Checar bem os resultados (a sequência de números e que os primeiros quatro sejam os cantos da subparcela). Isso é importante porque encontrando erros aqui ainda dá para corrigir sem precisar repetir todo o trabalho.
Salvar os resultados com o nome da subparcela (exemplo 300×100.txt)
NÃO FECHAR O PROGRAMA E O ARQUIVO SENDO TRABALHADO ATÉ RODAR O PROGRAMINHA DO R, POIS ESTE VAI TE DIZER SE HÁ ÁRVORES FALTANDO.

Colocar o arquivo .txt de resultados do mapeamento no mesmo diretório onde está o arquivo entradaxy.rdata
Clicar duas vezes no arquivo entradaxy.rdata para abrir o programa no R
Se quiser verificar o conteúdo do diretório digite dir() no console do R
Para rodar o programa digite pxy(“subparcela.out”), onde subparcela.out é o nome do arquivo onde serão guardados os resultados (deve ser, por exemplo, 300×100.out).
Siga as instruções na janela do R
Essa etapa é rápida, mas é fundamental checar se houve erros na sequência de números. O programa irá indicar os números que ele não encontrou no arquivo. Se houver números faltando, checar se estes estão indicados na planilha. Se não estiverem, volte para o ImageJ e veja se você não esqueceu de marcar as árvores faltando. Se você não fechou o ImageJ ainda dá para adicionar as árvores faltando.

Os dados de cada hectare (25 subparcelas) devem ser armazenados num único arquivo. Salvar a planilha do excel com o nome do hectare (e.g. ha300.xls). FAZER BACKUPS diariamente desse arquivo.
Abrir o arquivo subparcela.out (e.g. 300×100.out). Selecionar o conteúdo, copiar e colar na planilha (na célula A2 da planilha Modelo_Entrada de Dados).
Completar para cada árvore as informações nos campos em vermelho.
Se houver mais de um fuste (mais de um dbh, eg. 20+10), duplicar a linha da árvore a mudar o número do fuste.
Novidade: Se houver mais de uma observação, separar as observações na coluna “obs” por “;”

ATENÇÃO: Quando você selecionar a família, no campo gênero só aparecerão os gêneros da família selecionada e no campo espécie só as espécies do gênero selecionado (isso acontece nova versão do arquivo .xls). Precisa selecionar a família, gênero (precisa sim!) e a espécie, quando houver. Se a categoria estiver indeterminada pode deixar em branco. Também só é possível entrar nomes que estão na lista. Se tiver algum táxon que não está na lista anote no campo nomevulgar

Quando tiver completado 1 ha, usar as seguintes instruções para checar erros a planilha:
Salvar como .txt (no caso de Excell para Windows deve ser .csv) a planilha com os dados para o hectare (separado por vírgula; note que o excel pode salvar com ;, e isso não tem problema).
Clicar duas vezes no arquivo entradaxy.rdata para abrir o programa no R (esse arquivo foi modificado em 11 Fev 2009, baixar a nova versão);
Colocar o arquivo .txt (ou .csv) no mesmo diretório onde está o arquivo entradaxy.rdata;
Na janela do R, importar o arquivo .txt (ou .csv) com a seguinte função:

read.csv(“seuarquivo.txt”,sep=“,”) → temp

                          ou
            read.csv("seuarquivo.csv",sep=",") -> temp

Se o arquivo for delimitado por ; substitua sep=“,” por sep=“;”. Digite help(read.csv) se precisar de ajuda com esse comando. Não padronizamos isso porque é comum o excel dar erros na hora de exportar dados.
Opcional: digite head(temp) para ver o topo da tabela e dim(temp) para ver as dimensões da tabela (i.e. número de linhas e colunas, respectivamente). Se tiver ok, prossiga para o próximo passo!
Para checar os dados digite checar.dados(dados=temp) na janela do R e siga as instruções;
Se houver erros, corrigir na planilha do excel e repetir a checagem de erros.

Programas para extrair as coordenadas das árvores a partir do mapa das parcelas de 20×20.

Baixar a versão mais atualizada do ImageJ
Baixar o PointpickerCTFS e colocar do diretório Plugin do programa ImageJ. Versão 01 Mar 09 – versão anterior da ferramenta remove cross do pointpicker eliminava ponto errado.

Para a entrada de dados das planilhas:

Modificações que precisam ser feitas no Xampp depois de instalado para fazer funcionar o banco de dados.

editar o arquivo php.ini do diretório XAMPP/Apache/bin e modificar as seguintes linhas:

Habilitar extensions=php_curl.dll - isso permite a conexão com sites externos usados para baixar os nomes das espécies