\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\subsection{\texorpdfstring{Material de apoio}{Material de apoio}}
\label{sec:material_de_apoio}


\subsection{\texorpdfstring{Ecologia de Populações e Comunidades Vegetais}{Ecologia de Populaoes e Comunidades Vegetais}}
\label{sec:ecologia_de_populaoes_e_comunidades_vegetais}


\paragraph{\texorpdfstring{Referências básicas}{Referencias basicas}}
\label{sec:referencias_basicas}

\begin{itemize}
  \item Gurevitch,J; Scheiner, S.M.; Fox, G.A. 2009. Ecologia Vegetal. Artmed.
  \item Levin, S.A. 2009. The Princeton Guide to Ecology. Princeton University Press.
\end{itemize}


\\

\subsection{\texorpdfstring{Aula sobre argumentação em artigos científicos}{Aula sobre argumentaao em artigos cientificos}}
\label{sec:aula_sobre_argumentaao_em_artigos_cientificos}

\begin{itemize}
  \item \href{media/2017/aula_argumentacao.pdf}{Slides da aula} 
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Modelo de argumentação de Toulmin}{Modelo de argumentaao de Toulmin}}
\label{sec:modelo_de_argumentaao_de_toulmin}

\begin{itemize}
  \item \href{https://en.wikipedia.org/wiki/Toulmin_method}{Na Wikipedia} (aproveite para doar!)
  \item A referência bássica: TOULMIN, Stephen Edelston, et al. 1984. \href{https://libgen.pw/view.php?id=444734}{An introduction to reasoning}.
  \item \href{https://www.youtube.com/watch?v=Ifc3FQ0WccU}{ Uma videoaula} de cerca de meia hora.
  \item \href{https://www.youtube.com/watch?v=1vArfwlX04I}{Outro vídeo}, de menos de dez minutos.
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Atividade de introdução à análise crítica de artigos científicos}{Atividade de introduao a analise critica de artigos cientificos}}
\label{sec:atividade_de_introduao_a_analise_critica_de_artigos_cientificos}


Baixe \href{media/2017/pi_2015_vinicius_reis_plantulas_calophyllum_alocacao_competicao_intraespecifica.pdf}{AQUI} o manuscrito que será analisado na aula

\paragraph{\texorpdfstring{Como ler um artigo científico?}{Como ler um artigo cientifico}}
\label{sec:como_ler_um_artigo_cientifico}


Artigos científicos são muito diferentes de outras modalidades de textos. Por isso há estratégias específicas para sua leitura efetiva. 
Há muito material sobre isso disponível na internet. Experimente fazer uma busca com os termos como \emph{,,how to read a scientific paper"}. Você verá que não há um consenso sobre a melhor estratégia, em parte por variações entre áreas de conhecimento. Mas há muitos princípios gerais comuns, e algumas dicas frequentes. 

Aqui vai nossa seleção:
\begin{itemize}
  \item \textbf{Comece por aqui. Apresentação simples e motivadora.} \href{https://www.lib.purdue.edu/sites/default/files/videos/tutorials/SciPaperTutorial.swf}{Purdue's Library introduction on how to read a scientific paper}: 
  \item \href{http://www.iflscience.com/technology/how-read-and-understand-scientific-paper-guide-non-scientists}{How to read and understand a scientific paper: a guide for non-scientists}: um ótimo guia feito por Jenifer Raff, uma estudante de pós-graduação.
  \item \href{http://ccr.sigcomm.org/online/files/p83-keshavA.pdf}{How to read a paper}, por S. Keshav. O autor propõe um método em 3 passos para avaliar criticamente um artigo científico.
  \item \href{http://bio.research.ucsc.edu/~barrylab/classes/bio140l/ReadingPaperTips.htm}{Tips for reading a paper}: dicas de Barry Sinervo, um professor da University of California, sobre o que prestar atenção ao ler um artigo.
  \item \href{https://www.york.ac.uk/media/biology/documents/careers/critical_reading_handout.pdf}{Critical reading}:Texto de Hannah Lewis e colaboradores, sobre as diferenças entre leitura crítica e pensamento crítico.
  \item \href{http://cnx.org/content/m15912/latest/}{How to read a scientific article}: texto de Mary Purugganan e Jan Hewitt (Rice University) sobre quais as seções de um artigo e o que buscar em cada uma.
  \item \href{http://sdevoto.web.wesleyan.edu/218/reading218b.html}{How to read a scientific paper}, por Joh Little e Roy Parker (Arizona University): um roteiro muito detalhado e bem estruturado, de uma disciplina de graduação.
  \item \href{http://undsci.berkeley.edu/article/howscienceworks_01}{How science really works}, excelente site da Universidade de Berkeley.
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Estrutura de Populações}{Estrutura de Populaoes}}
\label{sec:estrutura_de_populaoes}


\subsubsection{\texorpdfstring{Aula Teórica}{Aula Teorica}}
\label{sec:aula_teorica}

\begin{itemize}
  \item\href{http://ecologia.ib.usp.br/bie320/aulaEstrPop.html}{ Aula de Estrutura de Populações }
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{EP:Textos para leitura e discussão}{EPTextos para leitura e discussao}}
\label{sec:eptextos_para_leitura_e_discussao}


\paragraph{\texorpdfstring{Artigos para análise crítica}{Artigos para analise critica}}
\label{sec:artigos_para_analise_critica}


\textbf{Artigo 1 (único artigo desse módulo)} \\
\href{media/2017/matapoio/artigos/lin2011.pdf}{Lin, Y. C., Chang, L. W., Yang, K. C., Wang, H. H., \& Sun, I. F. (2011). Point patterns of tree distribution determined by habitat heterogeneity and dispersal limitation. Oecologia, 165(1), 175-184.}

Para baixar esse arquivo faça o \emph{login} na página, acessando o \emph{link} ,,Entrar" que está no topo da página, à direita. Utilizem as informações do usuário ,,aluno" \footnote{usuário: aluno; 
senha: alunobie320; Obs.: Essa senha se autodestruirá em 15 dias 8-). Memorizem, salvem ou anotem para acessar os próximos textos}
 fornecidas a vocês para entrar:\\

\subparagraph{\texorpdfstring{Quais fichas enviar sobre este artigo e quando enviar?}{Quais fichas enviar sobre este artigo e quando enviar}}
\label{sec:quais_fichas_enviar_sobre_este_artigo_e_quando_enviar}


Veja AQUI.

\paragraph{\texorpdfstring{Apoio}{Apoio}}
\label{sec:apoio}

\begin{itemize}
  \item \href{media/2015/matapoio/dale1999cap1.pdf}{Dale, M. (2004). Concepts of spatial pattern. In. Dale, M. (ed.). Spatial pattern analisys in plant ecology. Cambridge Univ. Press}
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Outros recursos}{Outros recursos}}
\label{sec:outros_recursos}

\begin{itemize}
  \item \href{http://en.wikipedia.org/wiki/Spatial_ecology}{Verbete sobre ecologia espacial} na Wikipedia. Bom resumo!
  \item \href{http://www.spatstat.org/}{Projeto spatstat}: ferramentas de análise, cursos, manuais online.
  \item \href{http://www.nature.com/scitable/knowledge/library/case-study-the-glorious-golden-and-gigantic-13261308}{The Glorious, Golden, and Gigantic Quaking Aspen}: conheça o \emph{Populus tremuloides}, que pode formar enormes florestas de rametas. Uma destas populações de rametas é possivelmente o maior organismo vivo do planeta .
  \item \href{http://www.nature.com/scitable/knowledge/library/ignoring-population-structure-can-lead-to-erroneous-15128671}{Ignoring Population Structure Can Lead to Erroneous Predictions of Future Population Size}: uma boa ilustração da importância de se considerar estrutura etária das populações.
  \item \href{https://en.wikipedia.org/wiki/Janzen\%E2\%80\%93Connell_hypothesis}{Hipótese Janzen-Connell na Wikipedia}: boas referências no final da página.
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Dinâmica de populações}{Dinamica de populaoes}}
\label{sec:dinamica_de_populaoes}


\subsubsection{\texorpdfstring{DP:Textos para leitura e discussão}{DPTextos para leitura e discussao}}
\label{sec:dptextos_para_leitura_e_discussao}


\paragraph{\texorpdfstring{Artigos para análise crítica}{Artigos para analise critica}}
\label{sec:artigos_para_analise_critica2}


\textbf{Artigo 1 - Discussão nos dias 27/09/2017 e 11/10/2017} \\
\href{media/2017/matapoio/artigos/bruna-2003-are_plant_populations_in_fragmented_habitats_recruitment_limited_tests_with_an_amazonian_herb_ecology.pdf}{Bruna, E. M. 2003.Are plant populations in fragmented habitats recruitment limited? Tests with an Amazonian herb. Ecology, 84(4): 932–947}

\textbf{Material suplementar do artigo de Bruna (2003) \href{media/2017/matapoio/artigos/bruna2003_supplmat_e084-018-a1.pdf}{Bruna (2003) - Apêndice A1}:} \\
Obs.: Esse material é importante para a compreensão de alguns dados utilizados no artigo.

\textbf{Artigo 2 - Discussão nos dias 27/09/2017 e 11/10/2017} \\
Cancelado. Teremos apenas 1 artigo (ver acima) para discussão nesse módulo \\
\\

\subsubsection{\texorpdfstring{Slides da Aula}{Slides da Aula}}
\label{sec:slides_da_aula}


\href{media/2017/matapoio/dinamicapopulacional2017_2_imag_compactadas.pdf}{Aula de Dinâmica de Populações}

\subsubsection{\texorpdfstring{Outros materiais}{Outros materiais}}
\label{sec:outros_materiais}

\begin{itemize}
  \item \href{https://www.khanacademy.org/math/linear-algebra/alternate_bases/eigen_everything/v/linear-algebra--introduction-to-eigenvalues-and-eigenvectors}{Introduction to eigenvalues} no site de videoaulas \href{https://www.khanacademy.org}{Khan Academy}
  \item \href{http://betterexplained.com/articles/linear-algebra-guide/}{An Intuitive Guide to Linear Algebra}, do excelente site \href{http://betterexplained.com}{Better explained}.
  \item \href{http://ocw.mit.edu/courses/mathematics/18-06-linear-algebra-spring-2010/index.htm}{Linear algebra}: curso online do MIT. Uma abordagem original e muito didática para ensinar algebra linear, na qual estão os cálculos de autovalores usados neste módulo.
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Estrutura de comunidades}{Estrutura de comunidades}}
\label{sec:estrutura_de_comunidades}


\subsubsection{\texorpdfstring{EC:Textos para leitura e discussão}{ECTextos para leitura e discussao}}
\label{sec:ectextos_para_leitura_e_discussao}


\paragraph{\texorpdfstring{Artigo para análise crítica}{Artigo para analise critica}}
\label{sec:artigo_para_analise_critica}


\textbf{Artigo 1: } \\
\href{media/2017/matapoio/artigos/punchi_manageetal2014effect_of_spatial_processes_and_topography_on_structuring_species_assemblages_in_a_sri_lankan_dipterocarp_forest_ecology.pdf}{Punchi-Manage, R., T. Wiegand, S. Getzin, K. Wiegand, C. V. S. Gunatilleke, \& I. A. U. N. Gunatilleke (2014). Effect of spatial processes and topography on structuring species assemblages in a Sri Lankan dipterocarp forest. Ecology 95:376–386.}

Dica: A interpretação dos ,,dbMEMs" é exatamente a mesma que a dos ,,PCNMs", que foram trabalhados no exercício prático.

\textbf{Materiais suplementares do artigo de Punchi\_Manage et al. (2014), que possuem informações importantes:}
\href{media/2017/matapoio/artigos/punchi_manageetal2014appendixa.pdf}{Appendix A}
\href{media/2017/matapoio/artigos/punchi_manageetal2014appendixb.pdf}{Appendix B}

\paragraph{\texorpdfstring{Apoio}{Apoio}}
\label{sec:apoio2}

\begin{itemize}
  \item Para uma introdução a análises multivariadas:\href{media/2014/matapoio/04a_gurevitch_cap15_estrutcomunidades.pdf}{capítulo 15 do livro de Gurevitch et al. (2006)}. Pode ajudar a entender melhor a atividade prática.
    \item Uma discussão interessante sobre o papel de processos estocásticos e determinísticos em comunidades ecológicas: \href{media/2017/matapoio/artigos/vellend_etal_2014_assessing_the_relative_importance_of_neutral_stochasticity_in_ecological_communities_oikos.pdf}{Vellend et al. (2014)}  
  \end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Slides da aula}{Slides da aula}}
\label{sec:slides_da_aula2}

      \begin{itemize}
  \item \href{media/2017/matapoio/estruturacomunidades2017_nova_parawiki_imagenscompactadas.pdf}{Aula Estrutura de Comunidades 2017}
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Dinâmica de comunidades}{Dinamica de comunidades}}
\label{sec:dinamica_de_comunidades}


\subsubsection{\texorpdfstring{DC:Textos para leitura e discussão}{DCTextos para leitura e discussao}}
\label{sec:dctextos_para_leitura_e_discussao}


\paragraph{\texorpdfstring{Artigo para análise crítica}{Artigo para analise critica}}
\label{sec:artigo_para_analise_critica2}


\textbf{Artigo 1:}
\href{media/2017/matapoio/artigos/yu_et_al_1998can_high_tree_species_richness_be_explained_by_hubbell_null_model_ecoletts.pdf}{Yu, D. W., Terborgh, J. W., \& Potts, M. D. (1998). Can high tree species richness be explained by Hubbell's null model?. Ecology Letters, 1(3), 193-199}

\paragraph{\texorpdfstring{Apoio}{Apoio}}
\label{sec:apoio3}

\begin{itemize}
  \item Harpole, W. (2010) Neutral Theory of Species Diversity. \href{http://www.nature.com/scitable/knowledge/library/neutral-theory-of-species-diversity-13259703}{Nature Education Knowledge 3(10):60}, apresentação da teoria neutra para estudantes de graduação, do projeto \href{http://www.nature.com/scitable}{Scitable}.
  \item Alonso, D., Etienne, R. S., \& McKane, A. J. (2006). The merits of neutral theory. Trends in Ecology \& Evolution, 21(8), 451-457. Uma revisão mais avançada da teoria neutra, mas ainda acessível.
  \item Levine, J. M. \& HilleRisLambers, J. (2010) The Maintenance of Species Diversity. \href{http://www.nature.com/scitable/knowledge/library/the-maintenance-of-species-diversity-13240565}{Nature Education Knowledge 3(10):59}. Uma introdução ao papel dos nichos na estruturação das comunidades.
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Slides da aula}{Slides da aula}}
\label{sec:slides_da_aula3}


EM BREVE

\subsection{\texorpdfstring{Boas práticas acadêmicas}{Boas praticas academicas}}
\label{sec:boas_praticas_academicas}

\begin{itemize}
  \item \href{http://www.fapesp.br/6583}{Cartilha de boas práticas da FAPESP}
  \item \href{http://memoria.cnpq.br/normas/lei_po_085_11.htm}{Diretrizes Acadêmicas FAPESP}
  \item \href{http://www.nap.edu/catalog.php?record_id=12192\#bulk}{On being a scientist}, cartilha da National Academy of Sciences USA
  \item Rekdal, O. B. (2014). Academic urban legends. \href{http://m.sss.sagepub.com/content/44/4/638.full}{Social Studies of Science, 44(4), 638-654}. A incrível estória de como a má citação de um erro de casa decimal criou uma das lendas científicas mais conhecidas do mundo. Texto muito divertido e cheio de reviravoltas, de um caso verídico. Não há melhor novela que a vida...
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Outros materiais interessantes}{Outros materiais interessantes}}
\label{sec:outros_materiais_interessantes}

\begin{itemize}
  \item \href{http://www.youtube.com/playlist?feature=c4-feed-u\&list=PLxI8Can9yAHclehOGB5PZmh4mBrh7Ar0e}{A vida secreta das plantas}, excelente série da BBC, disponibilizada pela \href{http://univesp.br/}{Universidade Virtual de São Paulo}.
  \item \href{https://www.theguardian.com/science/2017/oct/07/fruit-fly-fascination-nobel-prizes-genetics}{O que há de tão relevante sobre drosófilas?} - Um ensaio sobre como e porque algumas espécies se tornaram modelos tão importantes de estudo.
  \item Uri Alon e o treinamento científico:

  \begin{itemize}
    \item \href{https://www.ted.com/talks/uri_alon_why_truly_innovative_science_demands_a_leap_into_the_unknown?language=pt-br}{Por que a ciência inovadora exige um mergulho no desconhecido.} (TED Talk)
    \item \href{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276509006418}{How To Choose a Good Scientific Problem.}
  \end{itemize}
  \item \href{http://ncase.me/polygons/}{A parábola dos polígonos}: de como pequenas diferenças de afinidade podem criar uma sociedade completamente segregada.
\end{itemize}




\end{document}
