coremicrobiome               package:unknown               R Documentation

Análise do Core Microbime para estudos de Ecologia Microbiana

Description
Através da análise de presença e ausência de OTUs, podemos determinar o core microbiome, que consiste no conjunto estável de membros compartilhados entre diferentes grupos de amostras, ambientes ou tratamentos.

Usage
coremicrobiome <- function(otu_table, numbercateg, namecateg)

Arguments
otu_table: Dataframe (otu_table). O arquivo otu_table deve seguir o formato clássido do Qiime, podendo conter ou não informações taxonômicas. 
Ver: https://www.drive5.com/usearch/manual/qiime_classic.html

numbercateg: Número de categorias. Para esta função, limitaremos o número de categorias a quatro. A partir de cinco categorias, o Venn Diagram se torna pouco intuitivo. Sugiro a utilização de scatterplot para cinco ou mais categorias. 

namecateg: Nome das categorias. Importante: Cada categoria deve conter um conjunto de letras possíveis de serem utilizados como identificadores únicos. 

Details
Através desta função podemos determinar o core microbiome de diferentes grupos de amostras, ambientes ou tratamentos análisando a presença e ausência de OTUs
nos diferentes grupos avaliados. Serão considerados pertencentes ao core microbiome apenas as OTUs presentes em 100% das amostras das categorias comparadas. 

Value
Esta função retornará uma lista com o número de OTUs (e suas respectivas identificações) que foram consideradas core microbiome para as categorias análisadas. 
Venn Diagram com os valores de core microbiome de cada categorias e os valores de core microbiome entre categorias. 

Author
Francielli Vilela Peres
francielliperes@usp.br

References
*SHADE, A.; HANDELSMAN, J. Beyond the Venn diagram: the hunt for a core microbiome. Environmental Microbiology, v. 14, n. 1, p. 4-12, 2012.
*ZAURA, E.; KEIJSER, B. J. F.; HUSE, S. M.; CRIELAARD, W. Defining the healthy “core microbiome” of oral microbial communities. BMC Microbiology, p. 1-12, 2009.
*NAM-PHUONG NGUYEN, N.; WARNOW, T.; MIHAI POP, M.; WHITE, B. A perspective on 16S rRNA operational taxonomic unit clustering using sequence similarity. Biofilms and Microbiomes, 2016.


Examples

## Dataframe de Input

otu_table <- read.csv("otu_table.csv", header=TRUE, row.names=1, sep=";", dec=".")
otu_table

	 Cnt1	Cnt2	Cnt3	Lag1	Lag2	Lag3	Mar1	Mar2	Mar3	Esg1	Esg2	Esg3 
OTU1	 30.0	21.0	13.0	12.0	300.0	15.0	0.0	3.0	7.0	5.0	0.0	1.0
OTU10	 32.0	120.0	41.0	10.0	482.0	42.0	219.0	86.0	507.0	0.0	3.0	1.0
OTU100	 6.0	2.0	0.0	1.0	2.0	0.0	1.0	3.0	0.0	122.0	382.0	793.0
OTU1000	 1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	2.0
OTU1001	 11.0	2.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1002	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	9.0	0.0	0.0
OTU1003	 0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	8.0	0.0
OTU1004	 0.0	24.0	0.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1005	 7.0	0.0	9.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1006	 11.0	23.0	19.0	56.0	14.0	76.0	0.0	7.0	7.0	0.0	0.0	0.0
OTU1007	 9.0	0.0	3.0	0.0	7.0	0.0	7.0	0.0	2.0	7.0	2.0	8.0
OTU1008	 0.0	18.0	18.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1009	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	13.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1010	 4.0	17.0	24.0	20.0	43.0	82.0	0.0	0.0	28.0	0.0	0.0	0.0
OTU1011	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	10.0	0.0	0.0	26.0	0.0	0.0	0.0
OTU1012	 7.0	0.0	3.0	3.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	18.0	5.0	7.0
OTU1013	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1014	 0.0	0.0	0.0	28.0	2.0	10.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1015	 0.0	7.0	8.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	2.0	53.0	0.0
OTU1016	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	3.0	0.0	2.0
OTU1017	 0.0	32.0	25.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0


## Output

Esta função retornará uma lista com o número de OTUs (e suas respectivas identificações) que foram consideradas core microbiome para as categorias análisadas. 
Venn Diagram com os valores de core microbiome de cada categorias e os valores de core microbiome entre categorias.