#Exercícios 6 - Teste de Hipótese e Simulação
##Gustavo Agudelo. No. USP: 8893871

setwd("E:/Science/USP/Mestrado Fisiologia Geral_IB-USP/Disciplinas/Primeiro semestre_2014-1/Uso da Linguagem R para Análise de Dados em Ecologia_2014-1/Exercícios R/Exercícios 6 - Teste de Hipótese e Simulação")

#6.1 Crie seus dados
conj1 <- rnorm(10, mean=6, sd=3)
conj1
m.conj1 <- mean(conj1)
conj2 <- rnorm(10, mean=7.5, sd=3.2)
conj2
m.conj2 <- mean(conj2)
conjs <- c(conj1, conj2)
mean(conjs)
sd(conjs)
mean(conj2)-mean(conj1)
mean(conj1)-mean(conj2)
dif=abs(mean(conj2)-mean(conj1))
dif

source("simula.r")
sim.dif <- simula(conj1, conj2, nsim=2000)
sim.maior <-  simula(conj2, conj1, teste= "uni", nsim=2000)
n.maior=sum(round(sim.maior$diferencas,1)>=round(dif,1)) 
n.menor=sum(round(sim.maior$diferencas,1)<=round((dif*-1),1))
n.maior
n.menor
p.bi=(n.maior+n.menor)/2000
p.bi
p.uni=n.maior/2000
p.uni

t.dif <- t.test(conj2, conj1)
t.dif
t.maior <- t.test(conj2, conj1, alternative = "greater")
t.maior


#6.2 ANOVA na unha

mudas <- read.table("altura-mudas.csv", header=T, sep=",")
str(mudas)
head(mudas)
summary(mudas)

tamboril <- subset(mudas,mudas$especie=="tamboril")
str(tamboril)
head(tamboril)
tamboril$substrato <- as.factor(tamboril$substrato)

#A variável medida é a altura e o fator de interesse é substrato
#Para cada substrato (10) existem 6 réplicas de tamboril (60 dados)

media.geral <- mean(tamboril$altura)
dif.geral = (tamboril$altura-media.geral)
sum(dif.geral)
round(sum(dif.geral),60)
ss.altura = dif.geral^2
ss.altura
ss.total = sum(ss.altura)
ss.total

media.tamboril <- tapply(tamboril$altura, tamboril$substrato,mean)
media.tamboril

ss.intra = sum((tamboril$altura - rep(media.tamboril, each=6))^2)
ss.intra

ss.entre = 6*sum((media.tamboril-media.geral)^2)
ss.entre

gl.total = (60-1)
gl.entre = (10-1)
gl.intra = (gl.total-gl.entre)

ms.intra = (ss.intra/gl.intra)
ms.entre = (ss.entre/gl.entre)

razao = (ms.entre/ms.intra)

prob = pf(razao, gl.entre, gl.intra, lower.tail = F)
porc = 100*(ss.entre/ss.total)

#Um 56.54% da variação na altura das mudas é explicada pela diferença no substrato.


##Gráficos

vetor.obs = 1:60
vetor.dados = as.numeric(tamboril$altura)
vetor.cor <- rep(1:10, each=6)
vetor.medias <- rep(media.tamboril, each=6)

#SS total

plot(vetor.obs,vetor.dados,ylim=c(0,90),pch=(rep(1:10,each=6)),col=vetor.cor,main="SS Total",ylab="Variável Resposta", xlab="Observações")
	for(i in 1:60)
	{
	lines(c(i,i),c(vetor.dados[i],mean(vetor.dados)),col=vetor.cor[i])
	}
	abline(h=media.geral)

#SS Intra grupo

plot(vetor.obs,vetor.dados,ylim=c(0,90),pch=(rep(1:10,each=6)),col=vetor.cor,main="SS Intra grupo",ylab="Variável Resposta", xlab="Observações")
	for(i in 1:60)
	{
	lines(c(i,i),c(vetor.medias[i],vetor.dados[i]),col=vetor.cor[i])
	}
	lines(c(1,6),c(media.tamboril[1],media.tamboril[1]),col=1)
	lines(c(7,12),c(media.tamboril[2],media.tamboril[2]),col=2)
	lines(c(13,18),c(media.tamboril[3],media.tamboril[3]),col=3)
	lines(c(19,24),c(media.tamboril[4],media.tamboril[4]),col=4)
	lines(c(25,30),c(media.tamboril[5],media.tamboril[5]),col=5)
	lines(c(31,36),c(media.tamboril[6],media.tamboril[6]),col=6)
	lines(c(37,42),c(media.tamboril[7],media.tamboril[7]),col=7)
	lines(c(43,48),c(media.tamboril[8],media.tamboril[8]),col=8)
	lines(c(49,54),c(media.tamboril[9],media.tamboril[9]),col=9)
	lines(c(55,60),c(media.tamboril[10],media.tamboril[10]),col=10)

#SS Intra grupo

plot(vetor.obs,vetor.medias,ylim=c(10,80),pch=(rep(1:10,each=6)),col=vetor.cor,main="SS Entre Grupos",ylab="Variável Resposta", xlab="Observações")
		for(i in 1:60)
		{
		lines(c(i,i),c(vetor.medias[i],mean(vetor.medias)),col=vetor.cor[i])
		}
	abline(h=media.geral)
	points(vetor.obs,vetor.dados,ylim=c(0,90),pch=(rep(1:10,each=6)),col=vetor.cor,cex=0.5)


#6.3 ANOVA fácil!

mudas <- read.table("altura-mudas.csv", header=T, sep=",")
tamboril <- subset(mudas,mudas$especie=="tamboril")
str(tamboril)
tamboril$substrato <- as.factor(tamboril$substrato)

aov.tamboril <- aov(tamboril$altura ~ tamboril$substrato)
aov.tamboril
summary(aov.tamboril)