Zoobodymass                                      R Documentation

Cálcula a biomassa de microcrustáceos zooplanctîônicos

Description:

     A função gera dados de biomassa a partir de dados de entrada de abundância e tamanho corporal. A biomassa é calculada de acordo com as equeções de peso seco e comprimento de acordo com Bottrell et al. (1976). A função também gera um sumário das principais variáveis de interesse (comprimento, peso seco e biomassa) e oferece a opção de gerar gráficos.

Usage:

Zoobodymass(x, level.abundance = "", level.length = "", level.order = "", graphic = TRUE)

Arguments:

 x: dataframe
   
 level.abundance: define o nome da coluna do dataframe que contém os valores de abundância
   
 level.length: define o nome da coluna do dataframe que contém os valores de comprimento
   
 level.order: define o nome da coluna que contém a ordem zooplanctônica (cladocera e/ou copepoda).
   
 graphic: é um argumento opcional para plotar um gráfico da relação entre a biomassa e o comprimento dos organismos e um boxplot da biomassa por "level.order"" ("cladocera", "copepoda"). 

Details:

- Os dados de entrada obrigatoriamente precisam estar na forma de data.frame. Caso o usuário entre com dados de outra natureza, a função ir´á acusar uma mensagem de erro e não irá rodar. 

- Dentro do argumento "level.order", o usuário terá que apresentar a informação da seguinte forma: para os cadóceros o nome da ordem é "cladocera" e para os copepodes o nome da ordem é "copepoda". Caso o usuário não fornecça essa inforação a funçã ir´á acusar uma mensagem de erro e não irá rodar. 

- A função oferece a opção de gerar dois gráficos: um plot da relação entre a biomassa (µg.mL) e do comprimento (mm) dos microcrustáceos e um boxplot da biomassa para cada ordem, cladocera e copepoda. 

Value:

     A função irá retornar um objeto com natureza de lista, com os seguintes componentes:

  comprimento: um vetor com os valores de tamanho corporal dos organismos em milímetros

  sumário do comprimento: um sumário dos valores de tamanho corporal dos organismos
  
  peso seco: um vetor com os valores de peso seco dos organismos em µg.mL
  
  sumário do peso seco: um sumário dos valores de peso seco dos organismos.
  
  biomassa: um vetor com os valores de biomassa dos organismos em µg.mL
  
  sumário da biomassa: um sumário dos valores de biomassa dos organismos
  
  plot: um plot da relação entre a biomassa e o tamanho corporal dos microcrustáceos e um boxplot da biomassa dos cladóceros e copepodes. 

Warning:

  As mensagens de erro que aparecem na função são:
  
  {Warning }{"OPS... o objeto não é um data.frame!"}
  
  {Warning }{"Foi removido linhas com NA."}
  
  {Warning }{"Foi removido linhas com valores de abundância igual a zero."}
  
  {Warning }{"Foi removido linhas com valores de comprimento igual a zero."}
  
  {Warning }{"OPS...você não definiu os gêneros cladocera e/ou copepoda corretamente ou então não possui essa informação em sua planilha!"}
  
Author(s):

     Lorena Pinheiro Silva

References:

     Blettler, M. C. M., Bonecker, C. C. Avaliação da biomassa de microcrustáceos em ambientes aquáticos continentais. Caracas: Interciencia. v. 21, n. 8, p. 591-597, 2006.
     
     Bottrell, H. H., Duncan, A., Gliwics, Z. M., Grygierek, E., Herzong, A., Hillbrincht-Ilkowska, A., Kurasawa, H., Larsson, P., Weglenska, T. A review of some problems in zooplankton production studies. Oslo: Nor. J. Zool. v. 24, p. 419-456, 1976.

Examples:

#Criando um vetor com os dados de abundância
abundance= c(0, 153256, 65280, 36960, 31664, 22772, 35456, 430, 0, 32404, 13589, 11196, 211152, 1169, 11814, 17344, 12596, 13080, 11908, 17696, 13180, 1043, 11237, 15180, 11960, 21720, 21712, 15576, 32080, 21664, 21632, 21376, 1543, 32186, 11543, 133357)

#Criando um vetor com os dados de comprimento
length= c(234, 133, 157, 149, 138, 230, 195, 409, 234, 233, 207, 201, 145, 433, 207, 249, 238, 230, 195, 209, 213, 546, 133, 233, 207, 249, 238, 230, 195, 164, 234, 123, 543, 134, 321, 133)

#Criando as cordones "cladocera" e "copepoda"
order= sort(rep(c("cladocera", "copepoda"), 18))

#Criando um data.frame com todas as variáveis
teste=data.frame(abundance, length, order)

# Aplicando a função
Zoobodymass(teste, level.abundance = "abundance", level.length = "length", level.order="order", graphic = TRUE)