zc.modules                    package: nenhum                      R Documentation                                                               


Calcula os valores de z e c de espécies de uma rede.


Description:

		A função zc.modules utiliza duas tabelas, uma com as interações de uma rede e outra com o módulo de cada espécie, para calcular os valores de z (within-module degree) e c (among-module connectivity) para cada espécie. A função retorna uma tabela que contém  os módulos da cada par de espécies que interagem e outra com os valores de z e c de cada espécie.


Usage:

		zc.modules(interactions, members)


Arguments:

		interactions		 data frame.	Um data frame de duas colunas, que contenha todos os pares de interação de uma rede. A primeira coluna deve conter termos Ri (onde i = 1, 2, 3, …, m) representando as espécies das linhas de uma matriz de adjacência com m linhas. A segunda coluna deve conter termos Cj (onde j = 1, 2, 3, …, n) representando as espécies das colunas de uma matriz de adjacência com n colunas.

		members			 data.frame.	Um data frame de duas colunas, que contenha todas as espécies Ri e Cj na primeira coluna e o módulo de cada uma dela na segunda coluna.


Details:

		A função zc.modules foi criada para calcular os valores de z e c das espécies de uma rede à partir dos dados de saída do programa MODULAR, o qual gera as tabelas interactions e members necessárias como argumentos da função.
		É necessário que os argumentos da função sejam data frames com os termos Ri e Cj, pois a função opera utilizando esses termos como fatores.
		A fórmula para o cálculo do z é Zi = Kis – Ks / SDks , onde i é uma espécie, s é o número do seu módulo, Kis é o número de interações intra-módulo dessa espécie, Ks é a média do número de interações intra-módulo das espécies no módulo e SDks é o desvio padrão.
		A fórmula para o cáculo do c é Ci = 1 – Σ (Kit / Ki)^2 , onde a somatória percorre todos os módulos (de t a n), Kit é o número de interações da espécie i para o módulo t, incluindo o módulo de i e Ki é o número de interações da espécie i.
		No cálculo do z, o denominador da fração (SDks) pode ser zero, nesse caso, não há valor de z para essa espécie e há um NaN na tabela de resultados.


Value:

		A função retorna uma lista com duas posições.

	comp1: Um data frame contendo quatro colunas. As duas primeiras com as interações entre as espécies Ri (primeira coluna) e Cj (segunda coluna) como na tabela interactions. As outras duas contém o módulo das espécies Ri (terceira coluna) e das espécies Cj (quarta coluna).		
	comp2: Um data frame de quatro colunas. As duas primeiras são idênticas à tabela members e as outras duas contém os valores de z (terceira coluna) e c (quarta coluna) para cada espécie.


Author:
	
		Lucas Paoliello de Medeiros
		lucaspdmedeiros@gmail.com


References:

		Olesen, J M; Bascompte, J; Dupont, Y L; Jordano, P. 2007. The modularity of pollination networks. PNAS, 104, 50, 19891-19896


Examples:

		Baixe os arquivos "med2.txt" e "members_med2.txt.txt" e salve-os no seu diretório de trabalho. Crie dois data frames no R com estes arquivos da seguinte forma:

		interactions = read.table("med2.txt", sep=" ")

		members = read.table("members_med2.txt.txt", sep="\t")

		Utilize a função com esses dois data frames como argumentos.