##############Exercicios aula 5
getwd()
setwd("C:/Users/Aluno/Desktop/aula5")
esaligna<-read.table("esaligna.csv", header=TRUE, sep=",", dec=".", as.is=T)
esaligna
summary(esaligna)

5.1 Editando alguns parâmetros gráficos

#Crie um gráfico de dispersão entre “dap”1) e “ht”2) com:

#1 Legendas dos eixos com nomes das variáveis e suas unidades

#xlab=" altura (m)", ylab= "dap (cm)", tcl=0.3)

#2 Marcações do eixos (ticks) para dentro da área do gráfico

#tcl

#Apenas dois eixos (formato “L”)

#bty=l
##Título informativo
# main="Relacao entre a altura e o dap de E. saligna")

##Tamanho das fontes maiores que o padrão

#par(cex=2)


par(cex=1.5)  #tamanho do texto
plot(esaligna$dap~esaligna$ht, xlab="altura (m)", ylab= "dap (cm)", tcl=0.3, bty="l",main="Relacao entre a altura e o dap de E. saligna", cex=0.5)



##############Exercicios aula 5
getwd()
setwd("C:/Users/Aluno/Desktop/aula5")
esaligna<-read.table("esaligna.csv", header=TRUE, sep=",", dec=".", as.is=T)
esaligna
summary(esaligna)



##5.2 Dois gráficos juntos

esaligna.dap.t.m<- aggregate(esaligna$dap, by=list(talhao=esaligna$talhao),FUN=mean)
esaligna.dap.t.m
class(esaligna.dap.t.m)

colnames(esaligna.dap.t.m)<-c("talhao", "media")


esaligna.dap.t.sd<- aggregate(esaligna$dap, by=list(talhao=esaligna$talhao),FUN=sd)
esaligna.dap.t.sd

colnames(esaligna.dap.t.sd)<-c("talhao", "desvios-padrao")
esaligna.dap.t.sd



esaligna.m.sd<-cbind(esaligna.dap.t.m[, 1:2], esaligna.dap.t.sd[,2])

colnames(esaligna.m.sd)<-c("talhao", "media", "desvios-padrao")

esaligna.m.sd



esaligna.m.sd<-as.matrix(esaligna.m.sd)



par(mfrow=c(1,2))

boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna", tcl=0.3)
text(1, 23, "a", cex=1.8)

talhao<-c("16", "17", "18", "22", "23", "32")

plot(1:6, esaligna.m.sd[,2], xlab= "Talhao", 
     ylab= " Media de DAP (cm)", main= "Media de DAP por talhao para E. saligna", 
     ylim=c(0,25), bty="l", tcl=0.3, xaxt="n")
axis( 1, 1:6, talhao, tcl=0.3)
text(1.5,25,"b", cex=1.8)

segments(x0=1:6, y0=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], 1:6, y1=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3])     #### x0=x1=talhao, y0=valor de media menos desvio, y1= valor de media mais desvio
points(x=1:6,y=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], pch="-") 
points(x=1:6,y=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3],pch="-")   



###################### Exercicio 5.3
dir()

exercicio3<-read.table("exercicio3.csv", header=TRUE, sep=",", dec=".", as.is=T)
exercicio3
summary(exercicio3)
class(exercicio3)

exercicio3.matrix<-as.matrix(exercicio3)
exercicio3


# grafico a:

plot(exercicio3[,2]~exercicio3[,1], ann=F, pch=17, xlim=c(0.5, 2.25), ylim=c(0.0, 3.0), bty="l")
text(2.1, 3.0, "a", cex=1.8)


modelo<-lm(exercicio3[,2]~exercicio3[,1])
abline(modelo)
mtext(c("Log (Patch size)(ha)", "Euclidean distances"), c(1,2), line=2, cex=c(1.0,1.8))



#grafico b: 
par(bty="l")
par(tcl=0.3)
boxplot(exercicio3[-27,3]~exercicio3[-27,4], xaxt="n")
axis(1, 1:6, c("Small", "Medium\nEdge", "Mediu\nInterior", "Large\nEdge", "Large\nInterior", "Control"))
text(c(1:5, 3, c("*", "*", "**", "*", "***"), cex=1.8)


?par



plot(esaligna$dap~esaligna$ht, xlab="altura (m)", ylab= "dap (cm)", tcl=0.3, bty="l",main="Relacao entre a altura e o dap de E. saligna", cex=2 )


##5.2 Dois gráficos juntos

##Use as variáveis “dap” e “talhao” para construir dois gráficos, colocando-os lado a lado. 
##O primeiro deve ser um gráfico de desenho de caixa (boxplot) da variável “dap” em função do fator “talhão”. 

#a: boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna")

?#cada talhão tem mais de um dap
?#tem que agrupar todos os daps por talhao 


##O segundo deve ter apenas a média e uma barra de desvio-padrão do dap, para cada talhão.

##Passo 1: calcular a média e os desvios-padrão do dap das árvores em cada talhão.


esaligna.dap.t.m<- aggregate(esaligna$dap, by=list(talhao=esaligna$talhao),FUN=mean)
esaligna.dap.t.m
class(esaligna.dap.t.m)

colnames(esaligna.dap.t.m)<-c("talhao", "media")


esaligna.dap.t.sd<- aggregate(esaligna$dap, by=list(talhao=esaligna$talhao),FUN=sd)
esaligna.dap.t.sd

colnames(esaligna.dap.t.sd)<-c("talhao", "desvios-padrao")
esaligna.dap.t.sd


#cbind junta as colunas e rbind as linhas

esaligna.m.sd<-cbind(esaligna.dap.t.m[, 1:2], esaligna.dap.t.sd[,2])

colnames(esaligna.m.sd)<-c("talhao", "media", "desvios-padrao")

esaligna.m.sd


## Passo 2: Crie uma matriz com estes valores e crie o plot destes valores.

esaligna.m.sd<-as.matrix(esaligna.m.sd)


?boxplot

#par(mfrow=c(1,2))
#boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna", tcl=0.3)
#plot(esaligna.m.sd[,2]~esaligna.m.sd[,1], xlab= "Talhao", ylab= " Media de DAP (cm)", main= "Media de DAP por talhao para E. saligna", ylim=c(0,25), bty="l", tcl=0.3)  #ylim=25, pq o valor maximo de dap é 23 entao o limite nao pode passar de 23. 

?segments : segments(x0, y0, x1 = x0, y1 = y0,
         col = par("fg"), lty = par("lty"), lwd = par("lwd"),

#segments(x0=esaligna.m.sd[,1], y0=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], esaligna.m.sd[,1], y1=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3])     #### x0=x1=talhao, y0=valor de media menos desvio, y1= valor de media mais desvio

?points: coloca os tracinhos dos desvios. 

#points(x=esaligna.m.sd[,1],y=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], pch="-") ### tracinho no ponto para cima
#points(x=esaligna.m.sd[,1],y=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3],pch="-")  ### tracinho no ponto para baixo  





##Insira também uma letra para dizer qual é o gráfico “a” e qual é o “b” (tanto faz, quem é um e quem é outro).

a: boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna")

b: boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna")

par(mfrow=c(1,2))

boxplot(esaligna$dap~esaligna$talhao, xlab= "Talhao", ylab= "DAP (cm)", main= "DAP em funcao de talhao para E. saligna", tcl=0.3)
text(1, 23, "a", cex=1.8)

talhao<-c("16", "17", "18", "22", "23", "32")

plot(1:6, esaligna.m.sd[,2], xlab= "Talhao", 
     ylab= " Media de DAP (cm)", main= "Media de DAP por talhao para E. saligna", 
     ylim=c(0,25), bty="l", tcl=0.3, xaxt="n")
axis( 1, 1:6, talhao, tcl=0.3)
text(1.5,25,"b", cex=1.8)

segments(x0=1:6, y0=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], 1:6, y1=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3])     #### x0=x1=talhao, y0=valor de media menos desvio, y1= valor de media mais desvio
points(x=1:6,y=esaligna.m.sd[,2]-esaligna.m.sd[,3], pch="-") 
points(x=1:6,y=esaligna.m.sd[,2]+esaligna.m.sd[,3],pch="-")   



###################### Exercicio 5.3
dir()

exercicio3<-read.table("exercicio3.csv", header=TRUE, sep=",", dec=".", as.is=T)
exercicio3
summary(exercicio3)
class(exercicio3)

exercicio3.matrix<-as.matrix(exercicio3)
exercicio3


# grafico a:

plot(exercicio3[,2]~exercicio3[,1], ann=F, pch=17, xlim=c(0.5, 2.25), ylim=c(0.0, 3.0), bty="l")
text(2.1, 3.0, "a", cex=1.8)


modelo<-lm(exercicio3[,2]~exercicio3[,1])
abline(modelo)
mtext(c("Log (Patch size)(ha)", "Euclidean distances"), c(1,2), line=2, cex=c(1.0,1.8))



#grafico b: 
par(bty="l")
par(tcl=0.3)
boxplot(exercicio3[-27,3]~exercicio3[-27,4], xaxt="n")
axis(1, 1:6, c("Small", "Medium\nEdge", "Mediu\nInterior", "Large\nEdge", "Large\nInterior", "Control"))
text(c(1:5, 3, c("*", "*", "**", "*", "***"), cex=1.8)


?par
?axis