matrixmap package:unknown R Documentation Matrizes e mapas de densidade para dois fatores de organismos Description: A partir de dados de ocorrência (coordenadas métricas) de dois tipos de organismos (e.g., duas espécies, machos e fêmeas, dois morfotipos), cria matrizes de densidade (ou razão entre densidades) e mapas coloridos semelhantes a heatmaps. Usage: matrixmap(data,wx,wy,output=3,plot=TRUE,explicit=FALSE) Arguments: data Data frame de ocorrência dos indivíduos, contendo três colunas (coordenada x, coordenada y e fator do indivíduo). wx Valor numérico (maior que 2), determina quantos segmentos do eixo x serão gerados. wy Valor numérico (maior que 2), que determina quantos segmentos do eixo y serão gerados. output 1, 2 ou 3. Determina qual o resultado dado, se =1 mostra apenas a densidade para indivíduos de primeiro fator, se =2 mostra apenas a densidade para indivíduos de segundo fator. Se =3 (padrão) mostra a razão das densidades entre indivíduos de primeiro fator por indivíduos de segundo fator. plot Valor lógico. Se =FALSE, retorna apenas a matriz de densidade; se =TRUE (padrão), produz o mapa de densidade com cores correspondentes (e com barra de cores). explicit Valor lógico. Se =FALSE (padrão), não produz nenhum efeito; se =TRUE, coloca os valores de densidade diretamente no mapa. Details: A distribuição e a densidade de organismos no espaço é vista muitas vezes como homogênea. Entretanto, é sempre possível que indivíduos de diferentes sexos ou morfotipos ocupem diferentes locais no ambiente. Essa função tem como objetivo permitir uma análise gráfica exploratória em diferentes escalas (ajustando wx e wy) da distribuição e densidade de dois tipos de indivíduos observados. A matriz gerada dá a possibilidade analisar mais profundamente a heterogeneidade em uma dada escala ou entre escalas diferentes. Values: A função pode retornar uma matriz (plot=F) ou um mapa (plot=T). Os dois representam os mesmos dados: número de indivíduos de fator 1 por célula (output=1), número de indivíduos de fator 2 por célula (output=2) ou razão fator 1:fator 2 (output=3) por célula. Warnings: O data frame de entrada deve ter apenas dois fatores (e.g., 1 e 2, M e F), caso contrário, a função irá parar e mostrar mensagem de erro. Ademais, o data frame não pode conter NAs; caso tenha, a função avisará o usuário para que a correção seja feita. Caso wx ou wy seja um número decimal, irá ser arredondado para baixo (e.g.,2.9=2). Caso wx ou wy seja muito grande, a função poderá levar mais tempo para rodar. Notes: A matriz resultante da razão entre densidade de indivíduos de fator 1 pela densidade de indivíduos de fator 2 pode ter valores Inf, NaN e zero (além dos demais, que são divisões "normais"). Inf é resultante da divisão de qualquer valor acima de zero por zero, isto é, representa que naquela célula só há indivíduos de fator 1. Zero (0) é resultante da divisão de zero por qualquer valor maior que zero, isto é, representa que naquela célula só há indivíduos de fator 2. NaN é resultante da divisão de zero por zero, isto é, representa que naquela célula não há indivíduos nem de fator 1 nem de fator 2. Os valores para x e y devem ser coordenadas métricas. É importante ficar claro que a ordem dos fatores é estabelecida alfabeticamente, isto é, se os fatores (tipos de indivíduos) no dataframe forem "M" e "F", "F" será o "fator 1" e "M" será o "fator 2". Para os mapas, no caso de output=1 ou =2, o gradiente de cores é feito a fim de representar quantos indivíduos há em cada célula do respectivo fator. No caso de output=3, o gradiente de cores é feito a fim de representar a razão de indivíduos de fator 1 por indivíduos de fator 2 em cada célula. Se explicit=T, quando output=1 ou =2, os números plotados representam quantos indivíduos há em cada célula. Quando output=3, os números plotados mostram quantos indivíduos de fator 1 e quantos indivíduos de fator 2 há em cada célula separado por um ":", já que o mapa representa justamente o valor da razão entre os dois em cada célula. Autor(s): Pietro Pollo (pietro_pollo@hotmail.com). Examples: #data frame de exemplo: exe=data.frame(x=c(rnorm(150,100,15),rnorm(250,100,20)),y=c(rnorm(150,100,20),rnorm(250,100,22)),fatores=c(rep("M",150),rep("F",250))) #note que apesar de indivíduos "M" estarem antes dos indivíduos "F" no dataframe, "F" é o fator 1 e "M" o fator 2. matrixmap(exe,15,15,output=1,plot=F) #matriz de densidade referente aos indivíduos de fator 1 somente, quando x e y tem 15 segmentos cada. matrixmap(exe,15,15,output=1) #mapa de densidade referente aos indivíduos de fator 1 somente (quando x e y tem 15 segmentos cada). matrixmap(exe,15,15,output=1,explicit=T) #mapa de densidade referente aos indivíduos de fator 1 somente, com valores explícitos no plot (quando x e y tem 15 segmentos cada). matrixmap(exe,15,15,output=2,plot=F) #matriz de densidade referente aos indivíduos de fator 2 somente, quando x e y tem 15 segmentos cada. matrixmap(exe,15,15,output=2) #mapa de densidade referente aos indivíduos de fator 2 somente (quando x e y tem 15 segmentos cada). matrixmap(exe,15,15,output=2,explicit=T) #mapa de densidade referente aos indivíduos de fator 2 somente, com valores explícitos no plot (quando x e y tem 15 segmentos cada). matrixmap(exe,15,15,plot=F) #matriz resultante da razão entre quantia de indivíduos de fator 1 por fator 2 em cada célula, quando x e y tem 15 segmentos cada. matrixmap(exe,15,15) #mapa que mostra a razão entre densidades (quando x e y tem 15 segmentos cada). matrixmap(exe,15,15,explicit=T) #mapa que mostra a razão entre densidades com os valores explícitos plotados (quando x e y tem 15 segmentos cada).