edm { nenhum}   													R Documentation


Funcao para estimar erro de medicao em morfometria


Description:

Calcula o erro de medicao/repetibilidade associados a tomada de dados morfometricos 
e simula amostragens de forma a minimizar o erro para analises subsequentes.


Usage:

edm(x, y, data=data, IC=FALSE, estima=FALSE, N=N)


Arguments:

x: um vetor contendo a identificacao dos indivíduos e as respectivas replicas 
(ver detalhes). 

y: um vetor contendo variaveis morfometricas representadas por valores numericos.

data: um objeto da classe “data frame” contendo os vetores “x” e “y”.

IC: argumento lógico que indica se a funcao deve (TRUE) ou nao (FALSE) calcular 
intervalos de confianca associados a repetibilidade.

estima: argumento lógico que indica se a funcao deve (TRUE) ou nao (FALSE) retornar 
um grafico do tipo boxplot com N estimativas de repetibilidade para k replicas
(ver detalhes).

N: numero de estimativas de repetibilidade a ser feitas com base em reamostragem 
de 2:k medicoes.


Details:

O objeto “x” deve ser representado por um vetor contendo a identificacao dos 
indivíduos com as replicas, correspondentes aos valores numericos (medicoes 
morfometricas) apresentados no objeto “y”. 

O vetor “x” deve ser da classe “fator”, e caso nao o seja, a funcao realiza a 
transformacao.
 
A funcao deve extrair os vetores “x” e “y” de um objeto do tipo “data frame”.

O intervalo de confianca e estimado usando alfa = 5% de significância.

O argumento "estima" calcula diferentes valores de repetibilidade "r" atraves de N
reamostragem sem reposicao de k-1 replicas.

Valores de "r" e "EM" variam entre 0 e 1, e sao complementares (EM = 1-r).


Value:

edm
Retorna uma lista com o valores calculados para erro de medicao de uma variavel 
dependente (EM), repetibilidade (r), intervalo de confianca da repetibilidade (ICsup, 
ICinf), tamanho da amostra (n) e numero de repeticoes (k); um boxplot com N valores 
de repetibilidade calculados para diferentes classes de de repeticoes (k-1).


Author(s):

Renato Sousa Recoder (renatorecoder@gmail.com)


References:

Bailey, R. C., & Byrnes, J. (1990). A new, old method for assessing measurement 
error in both univariate and multivariate morphometric studies. Systematic 
Biology, 39(2), 124-130.

Bonett. D.G. 2002. Statistics in Medicine, 21(9), 1331-1335.

Claude, J. (2008). Morphometrics with R. Springer Science & Business Media.

Wolak, M. E., Fairbairn, D. J., & Paulsen, Y. R. (2012). Guidelines for estimating 
repeatability. Methods in Ecology and Evolution, 3(1), 129-137.

Yezerinac, S. M., Lougheed, S. C., & Handford, P. (1992). Measurement error and 
morphometric studies: statistical power and observer experience. Systematic Biology, 
41(4), 471-482.


Examples:

#medidas morfometricas de uma amostra de lagartos Micrablepharus: 
#15 individuos, 5 repeticoes.

#implementacao mais simples da funcao edm
micra.morpho <- read.table("micra_morpho.txt", head=TRUE, sep=",", dec=".")
str(micra.morpho)
edm(IND, CRC, data=micra.morpho)

#implementacao mais completa da funcao edm
str(micra.morpho)
edm(IND, CRC, data=micra.morpho, IC=TRUE, estima=TRUE, N=20)