growth   		     package: nenhum	 	        R Documentation			
			

Descrição:

Estima os parâmetros de crescimento a partir do ajuste de dois modelos não lineares a 
escolha do usuário (modelo de von Bertalanffy ou Gompertz). Retorna dois gráficos com 
curvas de crescimento ajustadas para machos e fêmeas e uma lista com os valores de R2 
calculados para machos e fêmeas e o resultado da comparação das curvas por meio do teste 
de verossimilhança (Kimura, 1980).


Uso:

growth <- function(dados, modelo= "Bertalanffy", Linf=500, k=0.2, t0=0, grafico= TRUE)


Argumentos:

dados: data frame com três colunas contendo dados de idade na primeira coluna, comprimento na segunda e sexo na terceira. 
       As colunas devem ser nessa ordem, independente ao nome que se dê a elas.

modelo: modelo de crescimento “von Bertalanffy” ou “Gompertz” à escolha do usuário.

Linf: comprimento máximo teórico que pode ser atingido por uma espécie. O default deste argumento é “500”.

k: taxa constante de crescimento (velocidade com que o individuo alcança Linf). O default deste argumento é “0.2”.

t0: idade em que o indivíduo teria comprimento igual a zero. O default deste argumento é “0”.

grafico: argumento lógico, por padrão TRUE, retorna a curva de crescimento ajustada para ambos os sexos. Se FALSE, não retorna gráfico.

Detalhes:

O nome do objeto de entrada deve ser “dados”.
Se houver NA’s, estes serão omitidos.
Quando a janela gráfica for aberta, o usuário terá que indicar o local desejado para inserir a legenda de cada gráfico.

Valores:

Retorna uma janela gráfica com as curvas de crescimento para machos e fêmeas. 
O objeto de saída é uma lista que contém um sumário dos parâmetros calculados para machos e fêmeas, 
o valor de R2, os valores ajustados de cada parâmetro e o resultado do teste de verossimilhança ajustado para cada modelo. 

Avisos:

Mensagens de erro serão geradas se o objeto de entrada não possuir três colunas, se o modelo escolhido 
pelo usuário for diferente de “Bertalanffy” ou “Gompertz” ou se os parâmetros de crescimento não forem caracteres numéricos.

Nota:

Esta função requer instalação do pacote “qpcR”.

Autora:

Valéria Conversani
valconversani@usp.br

Referências:

Kimura, D. K. 1980. Likelihood methods for the von Bertalanffy growth curve. U. S. Fish. Bull. 77(4): 765-776.

Exemplos:

Exemplo 1
idade <- c(1,2,3.3,4.3,5.3,6.3,7.3,8.3,9.3,10,11.3,1,2,3.3,4.3,5.3,6.3,7.3,8.3,9.3,10,11.3,12.3,13.3)
comp <- c(15.4,26.9,42.2,44.6,47.6,49.7,50.9,52.3,54.8,56.4,55.9,15.4,28,41.2,46.2,48.2,50.3,51.8,54.3,57,58.9,59,60.9,61.8)
sexo <- c("M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","F","F","F","F","F","F","F","F","F","F","F","F","F")
dados <- data.frame(idade, comp, sexo)

growth(dados, "Bertalanffy", 100, 0.2, 0)

Exemplo 2
age <- c(1, 10, 13, 2, 5, 7, 9, 12, 20, 21, 18, 1, 3, 18, 5, 10, 12)
lt <- c(100.4, 305.5, 398.6, 134.9, 265.7, 295.4, 301.3, 365.8, 406.3, 435.2, 398.5, 101.3, 143.6, 378.9, 245.2, 302.9, 334.2)
sex <- c("M", "F", "F", "M", "M", "F", "F", "M", "M", "F", "F", "F", "F", "M", "F", "F", "F")
dados <- data.frame(age, lt, sex)

growth(dados, "Gompertz") #neste exemplo, os parâmetros são o default da função