Aqui você vê as diferenças entre duas revisões dessa página.
Ambos lados da revisão anterior Revisão anterior Próxima revisão | Revisão anterior | ||
cursos:planeco:roteiro:12-glmm_rcmdr [2020/04/26 14:41] adalardo a revisão anterior foi restaurada (2020/04/26 14:28) |
cursos:planeco:roteiro:12-glmm_rcmdr [2021/04/30 15:48] adalardo [Lendo os dados no Rcmdr] |
||
---|---|---|---|
Linha 1: | Linha 1: | ||
- | ====== Modelos Mistos Generalizados (GLMM) ====== | + | |
+ | <WRAP tabs> | ||
+ | * [[cursos:planeco:roteiro:12-glmm_rcmdr|{{:planeco:logorcmdr01.png?20|}}]] | ||
+ | * [[cursos:planeco:roteiro:12-glmm|{{:planeco:rlogo.png?20|}}]] | ||
+ | |||
+ | </WRAP> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====== Modelos Generalizados Mistos (GLMM) ====== | ||
Este roteiro é uma continuação do roteiro de [[cursos:planeco:roteiro:11-lmm|]] (LMM), o qual deve ser feito e entendido bem antes de continuar. Também é importante que você já tenha estudado o roteiro de [[cursos:planeco:roteiro:10-glm|]] (GLMs). Os modelos GLMM são uma extensão dessas duas abordagens reunidas. | Este roteiro é uma continuação do roteiro de [[cursos:planeco:roteiro:11-lmm|]] (LMM), o qual deve ser feito e entendido bem antes de continuar. Também é importante que você já tenha estudado o roteiro de [[cursos:planeco:roteiro:10-glm|]] (GLMs). Os modelos GLMM são uma extensão dessas duas abordagens reunidas. | ||
Linha 33: | Linha 41: | ||
- | Então, mãos à massa! | ||
==== Lendo os dados no Rcmdr ==== | ==== Lendo os dados no Rcmdr ==== | ||
Linha 41: | Linha 48: | ||
{{section>cursos:planeco:roteiro:11-lmm_rcmdr#lendo_os_dados_praias_no_r}} | {{section>cursos:planeco:roteiro:11-lmm_rcmdr#lendo_os_dados_praias_no_r}} | ||
- | * baixe o arquivo {{ :cursos:planeco:roteiro:praia.txt |dados vamos à praia}} | ||
- | * no R, mude o diretório de trabalho (pasta) para o diretório onde o dado se encontra | ||
- | * leia os dados <wrap hi>praia.txt</wrap> com o seguinte comando ((pode fazer isso pela interface do Rcmdr, mas lembre-se de atribuir o nome **dados** para esse conjunto de dados no Rcmdr)) | ||
- | * o arquivo é do tipo texto, com colunas separadas por tabulação ("Tabs") e com decimal indicado por ponto (".") | ||
- | * crie a variável ''fExposure'' como fator, como fizemos no LMM | ||
+ | <WRAP center round tip 100%> | ||
+ | Para ler os dados e fazer as modificações no console do R use o código abaixo: | ||
<code> | <code> | ||
- | dados <- read.table("praia.txt", header = TRUE, sep = "\t" , as.is = TRUE) | + | praia <- read.table("praia.txt", header = TRUE, sep = "\t" , as.is = TRUE) |
- | dados$fExposure <- factor(dados$fExp, levels = c("low", "high")) | + | praia$fExposure <- factor(praia$fExp, levels = c("low", "high")) |
- | head(dados) #observando as primeiras linhas de dados | + | head(praia) #observando as primeiras linhas de dados |
- | str(dados) # vendo se a estrutura dos dados está ok! | + | str(praia) # vendo se a estrutura dos dados está ok! |
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | </WRAP> | ||
+ | |||
Agora, vamos modificar o modelo do roteiro de LMM apenas em relação à distribuição de probabilidades dos resíduos do modelo. Operacionalmente isso é bastante simples, basta usar a função ''glmer()'' do pacote ''lme4'' com a mesma formulação do modelo usada anteriormente, explicitando a distribuição (''family = "poisson"''). | Agora, vamos modificar o modelo do roteiro de LMM apenas em relação à distribuição de probabilidades dos resíduos do modelo. Operacionalmente isso é bastante simples, basta usar a função ''glmer()'' do pacote ''lme4'' com a mesma formulação do modelo usada anteriormente, explicitando a distribuição (''family = "poisson"''). | ||
Linha 523: | Linha 531: | ||
Zuur, A., Ieno, E., Walker, N., Saveliev, A. & Smith, G. 2009. Mixed effects models and extensions in ecology with R. (Livro muito bom e completo sobre modelos mistos e aditivos) | Zuur, A., Ieno, E., Walker, N., Saveliev, A. & Smith, G. 2009. Mixed effects models and extensions in ecology with R. (Livro muito bom e completo sobre modelos mistos e aditivos) | ||
- | |||